除了这两项改革外，第三项值得一提的就是对全国土地进行清丈。由于新开垦的土地、被整理的土地、被兼并的土地、以及自耕农挂在士绅名下的土地，这些土地都会被从鱼鳞图册上去掉，所以历代改革无不将清理土地作为查察的重点。在本朝刘瑾、张璁都将清查土地作为他们革除利弊首当其冲的事情，但由于他们将清查的矛头对准皇庄和军屯，所以最终无终而果，刘瑾甚至因此而引发兵变，最终落的个凌迟处死的下场。
对于这些情况张居正不是不知道，但为了国家的利益，他并不考虑这些，另一方面，他也是有的放矢，他并没有将清查的重点对准棘手的皇庄和军屯，而是一般官绅之田和民田。最为关键的是后面有强大而毫不怀疑的支持，这跟正德、嘉靖年间完全不同。
虽说如此，地方政府态度暧昧也是正常的，松江知府、池州知府、安庆知府、徽州知府相继受到处罚，建德县豪民徐宗武阻扰清丈而受罚的例子也在帝国广为宣传。在这种强大的压力下，清丈田地得以迅速推进，到了万历十一年，全部清丈已经完毕。万历清丈是自洪武清丈以来全国最大范围内的一次清丈，此次清丈增加田地面积100多万亩，它直接带来赋税收入的增加，张居正使摇摇欲坠的国家重新稳定起来。
万历新政虽然有皇帝的支持和张本人强势的推动，但并不代表新政就没有阻力，张居正的新政尤以考成法受到的诽议最大。万历三年，南京户科给事中余懋学上书反对考成法，他说道：“政严则苦，法密则扰，非所以培元气存大体也。希望本之和平，依于忠厚，宽严相济，政是以和。”
余懋学的上疏直指考成法，本来六科在这场考成法中是既得利益者，现在连六科官员都反对，更别说底下的官员，张居正似乎搬起石头来砸了自己的脚，他不禁勃然大怒。万历对余懋学的上疏也十分愤怒，他认为余懋学受人指使，乃至可能接受了人的贿赂，便将余懋学革职为民。
余懋学对新政的反对只是开了个头，真正将反张运动推向顶点的是辽东巡按御史刘台。万历四年（1576年）正月，刘台上了一道五千字的奏疏弹劾张居正，在这篇奏疏里刘台系统的说明了张居正如何擅权，如何违背祖制。
刘台说道：“自从成祖设置内阁以来，内阁大学士无不惴惴不安，千方百计避宰相之名，而你张居正不仅不避宰相之名，还以宰相自夸，天下臣工畏你者甚于畏陛下，感你者甚于感陛下，你的改革、你的新政完全是颠乱祖制。”
接着，刘台又将张居正专制、跋扈的事情一一列举。可以说刘台对张居正的弹劾不像以前的言官那样含沙射影，顾左右而言他，他直接赤裸裸的对张居正进行攻击，更为犀利的是他抓住了张居正扰乱祖制这个要害，而且总结的很到位，可以说是一击而中。他更是露骨的指出张居正夺皇帝之威，此举既是事实，又能在皇帝与张居正之间构成裂痕，但万历明显没有上当，他表现出了比张居正更强烈的愤怒，因为这位皇帝也是求治心切，他希望国家能够实现大治，任何诋毁张先生的话他都不能够容忍。
刘台的弹劾的确厉害，这道奏疏一上去，立刻使官员开始跟张居正保持距离，上朝的时候人们不敢跟张首辅答话，昔日门可罗雀的张府变得日渐冷清，它甚至迫使张居正主动辞职。张居正跪在皇帝面前大哭不肯起，以此逼迫皇帝对刘台进行处罚，这个时候皇帝也意识到需要对刘台进行严厉处罚，不然的话有可能断送了正在进行中的万历新政。
皇帝命令锦衣卫将刘台从辽东带到京师来，关到镇抚司诏狱拷打，刘台在狱中并不屈服，拒不承认错误，乃至破口大骂张居正，眼见舆论压力越来越大，张居正也到皇帝面前求情，万历只好顺水推舟将刘台削职为民了事。皇帝想通过严惩这种抗议者，来使得张居正继续为帝国服务，同时也是对其他反对者的威慑。
经过张居正的励精图治，帝国粮仓所积累的粮食够九年的使用，北京、南京以及其他一些省份储存的银子达创纪录的1000多万两，大明帝国似乎重回历史之巅。但我们要弄清楚的是张居正的改革只是在旧有的体制下将农业税收发挥到极限，面对蓬勃发展的商业，已经不断增加的商业人口，他并没有在增收商业税上有任何建树，这种旨在节约开支和增加农业赋税的政策只能短期内带来财政的节约，一旦发生大规模的战事、自然灾害或大型工程建设，这种财政结余迅速会化为乌有。
另外，财政的节余也跟开放边市导致北方军费削减有关，再加上一批士兵开始屯田，这又进一步降低了军费。无论如何，张居正敢于冒天下之大不韪，在短时间内刷新吏治、整顿田亩，都是应该值得表扬。他所积累的钱粮延长了帝国的寿命也是一种可能的事情，但张居正死后的结局，以及他实心用事遭来的唾骂都使得在张居正以后再也无人敢实心用事，从这方面来讲似乎又起到了副作用。历史的确是诡迷的，很多情况下我们很难做出正确的评价。
第五章夺情危机
刘台被罢免后，群臣对张居正敢怒不敢言，只好对他的不满暂时压制下来，但细心的人会发现张居正即将面临一个绕不过去的坎。本朝以孝治天下，官员的父母过世必须回家守孝三年，此举是定制，任何人都要遵循，一旦违背这个规则则会面临舆论指责，在史书上也会留下骂名。
张居正父亲的身体已经不行了，这个消息所有人都知道，张居正自然心理也有数，他或许已经想好了对策。那些反对张居正的官员正在默默看着他，无论张居正采取何种措施，在这场危机中他都是一名输者。
如果他真的回家丁忧三年，那么这三年别人就会取而代之，新政的效果也会大打折扣，如果他不回家守制，则会给别人以口实，在官僚群体中失去信誉，而张居正本人也无法再理直气壮。