赵文华死后的御倭形势并不乐观，海盗们已经没有一个成熟的首领，即使有一个成熟的首领也不可能再信任官府，朝廷跟海寇之间失去沟通的渠道，只好采取肉体消灭的方式来应对。胡宗宪似乎对海盗仍然采取绥靖的政策，在一次战斗结束后，俞大猷主张追击，但胡宗宪却放这些海盗离去，为了此事俞大猷被安上作战不力的罪名被逮进狱中，不久，就有福建籍的御史控告胡宗宪有意将海盗往福建赶，为的是推卸责任。
1559年，在汪直的残余力量被扑灭，汪直没有利用价值的情况下，朝廷下令将汪直处死。汪直在狱中曾上书说愿意带兵剿灭倭寇，以求通关纳税，但并无作用，当他得知自己的死讯后，他叹道：“吾何罪，吾死一人，恐苦两浙百姓。”
行刑那天，汪直要求跟儿子见最后一面，汪直将束发金簪拔下来交给儿子，父子相拥而泣，哭完汪直拭去眼泪，不发一言，引颈就戮。汪直死后，其老母、妻儿没入成国公家。
1560年是帝国御倭的一个分界点。在此之前汪直的残余力量已经基本被扑灭，剩下的一些人逃到福建和广东两省的交界处，跟广东的海盗会合在一起开始在闽粤沿海骚扰。而在南直隶和浙江的盗匪则已经不是以前的海盗，而是那些征募来剿倭的军队，在浙江的倭患已经解除的情况下，朝廷勒令其解散，他们又成了新的倭患。
1560年的御倭行动是由一名叫戚继光的人负责。戚继光是山东登州人，出身世袭官宦家庭，其祖上原为郭子兴部下，后跟随朱元璋，在明平定云南战役中，其祖上战死，从此戚家世袭登州卫指挥佥事一职，一直到戚继光世袭到今天。从元代起山东就是御倭的大本营，1556年朝廷将戚继光调到浙江来负责御倭事宜，戚继光负责宁波、绍兴、台州等一线重地。戚继光来到浙江后发现本地驻军不能战，客家军军纪又差，戚继光决心招募一支新型军队，实现以浙人守浙土的原则。
戚继光来到民风骠悍的义乌，他选了三千名矿工组成了他的这支新型军队，黄仁宇在他的著作《万历十五年》中写道，戚继光挑选士兵的原则是只收农民，不收城市居民，凡脸色白皙、眼神轻灵、动作轻快的人一概拒之门外，这些人都来自城市的无业游民，一旦交锋，不仅自己会逃跑，还会唆使周围的人一起逃跑，一旦受到审判的时候他们又会嫁祸于这些言辞笨拙的伙伴。按照戚继光的这个标准招进来的都是纯朴可靠的农民，戚家军的这种纯朴作风一直保留到戚继光死后多年。在30多年后的御倭援朝战争中，以戚家军为班底的蓟镇兵并没有像辽东军那样骄纵，他们不抢功，而且总是打头阵。
戚继光的军纪严明，他实行连坐法，一人退一人被斩首，全队退队长被斩首，队长殉职而全队退全队被斩首。
倭寇虽然没有骑兵，但是他们的集体作战能力强，日本人的那种在下级群体中的严密管理模式在这场战争中得到了明显表现，不论是作战还是宿营，倭寇的小头目都能够对下级战士进行严格的管理。在战斗中，他们的侦察、进攻、防守、撤退都有一套严密的组织程序，他们注重团体的联络性，这点无论是在战争还是宿营中都有体现。他们在劫掠村庄的时候，一般派遣二十人的小部队进入，用当地人做向导，有斥候侦察，尖兵开路，分层次的展开兵力，他们在撤退的时候也有人接应，在与官军作战中他们也讲究实攻与佯攻。
这些倭寇通常头戴鬼头面具，以海螺为号角，通常能令攻击他们的人感到胆寒，作战的时候他们有两把刀，双手握着一把长刀，增加砍杀的力量，另一支短刀插在腰间，用于攻其不备，每个人的后面还背有标枪，当标枪投掷过来的时候往往不知道这些标枪从何处而来。
作战的时候，他们的指挥将一把折扇向上一挥，他们一排人将刀刃向上，刀背向下呐喊着冲来，这样是为了麻痹对手。在对手的目光被那柄折扇吸引住的时候，那把折扇会突然调头向下一挥，然后这些进攻者会“哗啦”一声将刀锋全部转向向下劈来。
针对倭寇的这种作战方式，戚继光采取了“师夷技长以治夷”的方法，他创立了战法与倭寇相似的鸳鸯阵，这种鸳鸯阵也是小集体作战，强调集体的协调性，每人配一把长枪和一把腰刀，它的特点是攻守兼备。这种鸳鸯阵竟然成了倭寇的克星，跟倭寇的战法相比，它的优势就在于强调进攻与防守相结合的协调性，它不强调个人意识，完全强调的是集体意识，在这点上竟然比倭寇做的还要好。
1560年以后这些因为被遣散而成为头匪的军队很快被扑灭，因为他们没有海外的基地和支援。在1562年台州大捷后，浙江的倭寇基本上被肃清，戚继光带着他的军队又来到福建。
1562年严嵩倒台，胡宗宪受牵连也被捕入狱，但嘉靖依然支持胡宗宪所任用的这些将领，在戚继光、福建总兵俞大猷、广东总兵刘显的齐心努力下，从1562年到1567年经过五年时间的浴血奋战基本上肃清了帝国的倭患，此时，从1547年到1567年历经二十年的备倭行动终于取得了胜利。
在整场御倭战争中高层一直存在着两种路线的争论，一是朱纨、王忬、张经的主剿派，二是严嵩、赵文华、胡宗宪的主抚派。可以说主剿派实际上是夏言对外政策的延续，这种政策不仅体现在东南沿海问题上，也体现在北部防御问题上，而这两种问题都是由经济问题引起的，我们也可以认为以严嵩为首的主抚派都赞同对蒙古和倭寇开市贸易，但严嵩显然不会在皇帝面前提这种事情。
我们不能否认的是在御倭问题上最终还是严嵩一党解决了倭患问题，因为正是他们的主抚政策诱捕了汪直，而汪直的被捕可以认为是整场御倭战争的转折点，此后虽然倭寇凶猛，但已是强弩之末。还有个问题我们要搞清楚地就是皇帝在这个问题上的态度，皇帝究竟是主剿还是主抚，通过整场战争来看，虽然前期两种观点斗争激烈，为此还连死两位大员，但皇帝的心思还是主剿，虽然他也同意对汪直进行招抚，但那只是一种诱捕，高高在上的皇帝不可能跟这些海盗讨价还价，他看的更是结果，他也不会对底情有更深入的了解，高层跟底层的思维方式根本不一样。
为患二十年的倭患问题实际上暴露了我们这个帝国农耕经济与商业经济的那种尖锐冲突，我们的海禁自然有它的道理，一方面避免了外部文明的干扰，另一方面，如果一味开海会导致越来越多的人从事海外贸易，越来越多的土地开始种植经济作物，这些都会带来粮食的减产威胁到帝国的根本，恰巧在明末那个海外贸易活跃的年代就真实的发生了这种事情，它在一定程度上导致了帝国的灭亡；如果不开海禁，那么帝国与外部世界的冲突将会加剧，在我们的技术条件还达不到的情况下，也只有在保持农业根本和维持与外界碰撞情况下求生存。