总督数省军务是封建王朝为了应对突发事件便于协调数省而设置的官职，朱纨作为闽浙总督这在明代历史上是从来没有的事情，朱纨从1547年到任，以雷霆手段在两年的时间内就解决了倭寇问题，并实行了严格的海禁，尤其是1549年的这次公开斩杀更是震惊中外。虽然皇帝授予了朱纨便易行事的权力，但如此大规模公开斩杀走私百姓也的确有些令人发指。

正沉浸在胜利喜悦中的朱纨不知道危险已经悄悄临近了。大批在朝的闽浙两省的官员纷纷弹劾朱纨行事偏激、滥杀无辜，福建籍御史陈九德也弹劾朱纨滥杀百姓。嘉靖皇帝接到这些奏折后将朱纨浙江巡抚一职改为巡视。

愤愤不平的朱纨上书指责浙闽两省的人视倭寇为衣食父母，并一针见血的指出闽浙两省“士绅民寇一体”，而且对一些在朝官员进行了公开点名。在这种情况下，嘉靖派了两名非闽浙籍的官员赴闽浙两省调查此事，调查的结果是被斩杀的佛朗机人只是跟沿海百姓进行公开贸易，并无劫掠情节，而且被斩杀的也多为福建沿海出外行商的百姓。

当事情逐渐清晰后，嘉靖命人逮捕朱纨进京询问，得到消息的朱纨悲愤交加，他写好了《都察院右副都御史秋厓朱公纨圹志》的奏折后服药而死。他在奏书中写道：“一不负天子，二不负君子，命如之何？丹心青史。纵天子不欲死我，闽浙人必杀我。去外夷之盗易，去中国之盗难，去中国之盗易，去中国衣冠之盗难。”

明代史学家谈迁在《国榷》中写道：“朱纨十年中丞，田不亩辟，家徒壁立。”

朱纨的悲剧一定程度也是个人造成的，他行事直线化，他不明白闽浙两省大批的人口赖以海洋生计，他也不明白贸易能够使双方都获利，百姓能够获得便宜价格的苏木、胡椒、香料，沿海百姓也能够将自己的日用之资高价卖给这些日本人或佛朗机人，但这些从根本上来说还是受制于帝国的政策。

朱纨既死，在闽浙两省官员的努力下，帝国取消了向闽浙两省派遣巡视大臣的制度，朱纨的防卫力量和保甲制度也尽皆裁撤，他的两名副手卢镗、柯乔也被定了死罪，关在福建的按察使司狱中。嘉靖年第一次轰轰烈烈的灭倭行动就这样结束了，很快帝国将会自吞苦果。

朱纨既死，闽浙两省之间的走私贸易再无障碍，我们的五峰船主汪直正式走到了前台。为了扑灭一些不听指挥的海盗，闽浙两省官员去信给汪直，让他协助扑灭，这对于汪直来说是一举两得的事情，一来在官府那里邀了功，二来也消灭了竞争对手，很快汪直打垮了两个较大的海盗势力集团，汪船主终于一统江湖，成为名副其实的海上霸主。他的全盛时代手下控制了数万人的人马，拥有全副武装的近百艘的现代化战舰。

我们的五峰船主有一个理想，那就是开放海禁，在大陆与日本之间进行公平的贸易，以互惠两国人民。汪直自认为他剿灭海盗对朝廷有功，他上了一道奏章要求开放贸易，但这道奏章自然毫无意义，朝廷给了一百石的粮食作为扑灭海盗的奖励。失望的汪船主变得不理性起来，他要让大明帝国知道他的厉害。

历史进入16世纪50年代，东南地区的自然灾害增多起来，从城市到乡村似乎都动荡起来，成群失去生计的百姓成为盗匪，沿海的乡村都是结墙自保。继汪直海盗集团的总部双屿岛被朱纨攻破后，这些人就转移到了舟山外海的万表山，朱纨死后，朝廷也停了他所招募军队的粮饷，这些士兵便投入万表山成为海盗，此刻聚集在万表山的海盗已达万余名，一场大的暴风雨就要来了。

1552年这些海盗从万表山出发，沿途劫掠台州、温州、宁波、绍兴等地，并攻陷黄岩县城，在城内整整呆了七天，这清楚地表明骚乱已经开始了升级。过去海盗只是劫掠村庄，此次竟然攻陷了城池，人们发觉了事态的严重性，并开始反思处置朱纨的失误之处。

群臣建议恢复派人巡视闽浙的制度，皇帝令吏部会推，会推的结果是山东巡抚王忬。王忬是明代史学家王世贞的父亲，他跟朱纨一样有着处理地方政务与军务的经验，此刻由他出任空缺四年的浙江巡抚兼浙闽总督一职，预示着朝廷的对倭政策又来了个180度大转弯。帝国再次风起云涌。

除此之外，朝廷还在浙江和南直隶增设一名参将，分别为俞大猷和汤克宽，王忬到任后又将朱纨的部将从牢里放出来重新聘用。但此时的情况跟朱纨时代已经不可同日而语，汪直的势力已经大增，实际上官军已经不是其对手。

1553年汪直的海军大规模向内地进攻，整个东南沿海，南京以东和以南的地方全部失陷，州府一级的城市开始被攻陷，府衙被烧、知府被杀，在这两万多人的入侵者中大部分是中国沿海的破产农民、盗匪、倭寇、还有一些欧洲的探险爱好者，他们也夹在这些人中起哄。大明朝的国门形同虚设，久未训练而且缺员三分之二的卫所根本抵挡不住这些疯子们的进攻。

而此时的闽浙总督王忬手段远远没有朱纨毒辣，他也没有一个明确的对付海盗的办法，他不是像朱纨那样主动派兵渡海作战，而是让各府各县结墙自保。在1553年的战斗中，有一股四十余人的倭寇脱离了大部队单独行动，他们从浙江进入安徽，从芜湖兜了一个圈子，然后打到南京城下。这伙倭寇人数少、行动迅速，官军难以发现其踪迹，虽然最终在江苏境内将其全部歼灭，但沿途军民也死伤数百人之多。