日本把侵略战火烧到中国境内后，也引起了英国的严重不安。英国害怕日本的进一步侵略有损于它在华的“商务”权益，希望中日言和，罢兵息战。英使欧格纳径向总理衙门提出“中国对战事既无把握，不如向日本言和，赔款了事”。奕禦、孙毓汶、徐用仪等人竭力赞成英国的调停意见。“以为不如此，不能保陪都、护山陵”。翁同龢不赞成奕禦等人的看法。11月11日，东暖阁召对，孙、徐首陈英国调停“机不可失”，“时不可错过”，劝告光绪帝接受和议。翁同龢当即抗争，他说：“日本索兵费，所需究竟多少?如不可从，终归于战。”认为“此事必不可成”。他还表示，即使有人非要坚持这么做，他“绝不与闻”。翁同龢提醒与会诸臣：“至若再观望希和，而不全力与战，何以振中国?!”⑦事实上，由于日本这时水陆得手，正准备对中国发动大规模进攻，企图进行更大的勒索，感到还未到停战议和的时候，最后婉言谢绝了英国的调停建议。
1894年11月底，辽东前线清军全面溃败。美国政府认为日本该到歇手的时候了，再打下去，可能要引起欧洲列强的干涉，劝告日本就此停战议和。日本也因财力物力均形告绝，打得精疲力竭，表示愿意接受美国调停。美使向总理衙门转述了日本意见，要中国派员赴日谈判。西太后即派张荫桓、邵友濂为议和代表，前往日本。
对于张、邵的赴日议和，翁同龢说：“臣于和议向不敢阿附，惟兹事亦不可中止。”既不反对，也不赞同。他总感到当时议和条件尚未成熟，“倭志奢，媾事难，不易成”。认为这次遣使，只能是为真正和谈作“准备”，使臣的任务应当是“欲得其贪欲之所出”。他还针对主和派求和心切的心理，提醒军机诸臣：“似不可恃媾而懈战备。”建议利用三冬“移守关军与前敌合击”。由于全国要求继续抗战、反对妥协投降的舆论空前高涨，西太后、奕禦被迫采纳了他的意见，派出湘军大队出关作战。
三、支持台湾军民的抗战，为拒割台湾作出巨大努力
还在甲午战争爆发前，日本海军便不时在我国沿海游弋，翁同龢曾因此写信给闽浙总督谭钟麟，建议起用抗法名将刘永福。谭接受了翁的意见，任命刘永福戍守台南，翁同龢为之大喜，称“南天得此一柱，疆圉可安”，对刘极尽赞许。甲午战争爆发后，他与台湾巡抚唐景崧以及爱国人士丘逢甲、俞明震彼此存问，书信往还不绝，对于台湾的防务寄予极大的关心。
1895年3月，日本为了给自己日后强占台湾造成既成事实，悍然向台湾、澎湖列岛发起进攻。在军机会上，有人主张舍南就北，弃台湾于不顾，专保辽东。翁同龢力持不可。他说：“台弃，南疆危，永无宁日。”并多次呼请增兵援台。3月底，台湾军民抗日斗争空前高涨，唐景崧要求清廷拨款济军，并致电户部代购军械。孙、徐表示反对。翁严加驳斥，他说：“彼(指唐景崧、刘永福)在汤火中，忍不援乎哉?!”毫不犹豫地拨寄户部银款50万两，以表示对台湾军民抗战的坚决支持。
为了拒割台湾，翁同龢同主和派进行了坚持不懈的斗争。
1895年2月底，清政府决定派遣李鸿章为代表赴日议和。先是美使转述日本意见：“非有让地之权者，不必派来。”2月27日，李到京请训。御前会议讨论割地问题。会上，翁同龢明确表示自己反对割地。当时外国报纸已宣露日本有“占台”之意，翁同龢又明确指出：台湾不可割弃。但主和派坚持“不割地则不能开议，无法了局”。西太后遂正式授予李鸿章割地赔款的全权。28日，李鸿章到翁宅拜访翁同龢。谈次间，翁又一次言及“台事”，请李“多留意”。次日，翁同龢前往贤良祠回拜李鸿章，再次叮嘱：“台湾万无议及之理。”希望他在谈判中坚持再坚持。
4月3日，李鸿章将马关和约内容电达朝廷，翁同龢看到电文，当即“头晕目眩”，“声泪俱下”。在御前会议上，“力陈台不可弃”。“既而又争于上前，余言恐从此失天下人心。”此后一连数日，因“台事与同官争论”，“与邸(指奕)语不洽”，“入对时不免愤激”，坚持反对割让台湾。他还前往恭王府，打算说服重病在家的奕禦。但奕禦主和之意已定，反而指责翁同龢“讦直”，“廷议徒扰”，使翁大失所望，怅然而返。4月12日，军机全班探望奕禦，翁同龢再一次询问奕禦对割台的态度，奕禦只是“唯唯而已”。翁同龢愤而先归。在反割台一事上，他对奕禦已不再抱有任何希望了。
《马关条约》的内容引起了举国震惊。资产阶级改良派康有为、梁启超联合在京会试的十八省举人上书光绪帝，要求拒和、迁都、变法。在这股炽热的爱国热流激荡下，翁同龢曾劝令光绪帝“迁都再战”，决心利用全国人民高涨的反侵略热情，争取拒签和约，拒割台湾。
4月16日军机会议上，孙毓汶拿着李鸿章从天津送来的和约稿本，要光绪帝立即用宝(盖印)。翁同龢力请展缓时日，孙坚持不可，并以延误了和议，“万一激成事变，贻误邦国”来恐吓翁同龢。翁立即反驳说：这样丧权辱国的条约怎能强使皇上用宝，万一苟且求和，害国病民，你我才真将成为误国的庸臣、名教的罪人!孙仍不罢休，指责翁说：师傅纵不念国家安危，也该为我们自己身家性命想一想!翁越听越气，大声怒斥：谁无妻孥身家性命?只是今日之事，如国家何?台湾遥远，割让日本，东南半壁从此不得安宁；辽东乃盛京门户，皇陵屏蔽，更不可拱让，引狼入室，使虎狼于我卧榻之侧，况一国生衅，列国纷乘，大局糜烂，后果何堪设想……⑧
翁孙争论长达一时之久，没有结果。翁同龢又跑到南书房，准备再草折谏争。就在这时，西太后下令批准和约，翁同龢“战栗哽咽”，无限伤心。在这天日记中，他写道：“覆水难收，聚铁铸错，穷天地不塞此恨也。”为《马关条约》的签订，台湾的割让抱恨不已。
日本的崛起，引起了列强之间新的矛盾。在《马关条约》签字的第六天，俄国联合德、法，要日本退还辽东半岛，同时，要清政府暂缓换约。
三国干涉还辽，又刺激了清政府的幻想。在仇日的感情支配下，翁同龢及其他主战官僚希图借这场国际干涉，力争拒割台湾。他力排众议，创言照会日本，展缓换约，请俄、德、法三国“共保台湾”。为此，他四处奔走，进行种种努力。他与汪鸣銮、张荫桓分头访问了俄、德、法三国公使，请他们电告本国，支持中国不割让台湾。又亲自找到美使田贝，托其转告日本，展期换约。他还多次打电报给清朝驻俄、法公使许景澄、庆常，要他们向三国交涉，帮助中国“不令交出台湾”。他甚至萌发毁约再战的思想，劝说光绪帝电询刘坤一、王文韶“稽查各军是否堪战”。翁同龢的这些活动既没有得到多数官僚的支持，也没有引起列强的反应，俄国干脆表示不能帮助中国，反而催促清政府按期换约。至此，翁同龢与主战派仍未放弃最后的努力。就在伍廷芳赴烟台同日本代表办理换约手续前，他又草拟了两道随约照会：一、“暗言辽事”。二、“明告台湾难交”，作为将来改约的张本。其他军机大臣皆视这一行动为“愚蠢”，对他大加讪笑。翁同龢及主战派争取拒割台湾的斗争虽然不可免地遭到了失败，但他那种为了争取国家领土主权少受损失，不惜奔走努力的爱国精神是值得肯定的。
四、主战爱国不容否定
历史上民族矛盾尖锐时，常有主战主和之争，也就有主战派与主和派的分野。甲午战争中，帝党主战，后党主和，明显地具有爱国与卖国之分。翁同龢坚持主战，反对日本侵略，反对西太后、李鸿章投降卖国，代表了中国人民反侵略、争独立的愿望和要求，符合中华民族的根本利益。但是，在很长时期内，他的爱国主战行动一直受到一些人的非难。后党分子攻击他是战争的“罪魁祸首”，甚至把战败的责任归咎于他。