再说军事这块。继刘铭传之后，邵友濂接任为第二任台湾巡抚。由于当时中日局势紧张，海疆戒严，清廷命福建水师提督杨岐珍和广东南澳镇总兵刘永福，率其所部前往防守台湾。刘永福接令后，立刻在广东增募士兵，开往台湾。
此前，唐景崧由于在中法战争中只身入越南招抚刘永福的黑旗军而立下大功，战后唐景崧被授台湾道，不久后又被提拔为藩司。当时中日已经爆发战争，由于清军连战连败，台湾巡抚邵友濂预料日本可能会对台湾不利，但他本人是书生出身，不懂军事，所幸其有自知之明，后上奏朝廷请求内调。朝廷后来认为唐景崧懂军事，便任命他为台湾巡抚，而调邵友濂回大陆任湖南巡抚。
但是，唐景崧这个人其实也是白面书生，要命的是，此人器量狭小，缺乏威势，不善于抚众，部下常对之阳奉阴违。譬如和刘永福关系，本来唐景崧和刘永福曾经在越南共事，当时两人又都在台湾尽力，但唐景崧总认为刘永福有异志，对之不能信任，后来刘永福提及此事时，常常涕泪横流，深以为憾。刘永福认为台北战略地位重要，提出驻守台北，但唐景崧却把刘永福所部调往台南。
另外，当时还发生过一次“李文奎之变”。李文奎本是河北游匪，后跟随刘铭传的淮军来到台湾，充当抚辕亲兵。当时副将方某为武巡捕，以李文奎犯军令将之革退，李文奎就转投中军黄翼德，充当营中小队长。后来黄翼德前往广东募兵，由副将方某临时署理中军，方某见到李文奎后很不爽，便再次将之革退。由此，李文奎对方某恨之入骨，伺机准备报复。由于此人一贯喜好交结朋友，匪类党徒遍台北，甚至巡抚衙门内外都有他的朋友。
当时，唐景崧的女婿余某回大陆，李文奎率党徒在半路上抢劫其武装，余某的护勇逃回巡抚衙门，李文奎带领党徒追来，正好副将方某从衙门出来，李文奎仇人相见，分外眼红，当下就操刀直砍方某的脖子，方某猝不及防，被砍中后逃回门中，被李文奎和党徒追上后乱刀砍死。中军护勇们见状都鼓噪起来，形成叛乱之势。
唐景崧听到外面喧嚣，不知道发生了什么事情，便派差官出去看看，差官刚出仪门，便被乱兵砍了几刀，急忙逃回。叛军匪徒拥进衙门要杀唐景崧，正好唐景崧出来，这些匪类猝然见到巡抚大人，心里害怕，便收刀直立，并假称无事。唐景崧见事不妙，也就假意抚慰。由于李文奎徒党甚多，唐景崧不敢深究，只得令李文奎充当营官，以防止这些人作乱。为掩饰副将方某被杀的真相，唐景崧假模假样的张帖通缉杀方副将之贼，由此手下将领多有不服，产生离心，而李文奎这些匪兵也更加猖狂。
由于清政府命令在台官员全部返回大陆，福建水师提督杨岐珍、台湾镇总兵万国本及统兵官廖得胜、余致廷等人先后率领部分营兵离台，在台的清军正规军除了刘永福所部完整外，其他驻军实力都大为受损。幸好当时台湾民众自发组织了义军，以补兵力之不足。当时，全台义军统领丘逢甲统有十营义勇，吴汤兴作为台湾府台军统领也统领了六营义勇。后来，刘永福任命简成功为义军统领，也统有十一营义勇，以协防台南。
这里要特别介绍一下丘逢甲。丘逢甲又名仓海，台湾陷落后常自称海东遗民。丘逢甲的曾祖在乾隆年间举家来到台湾，定居于彰化县翁仔社。丘逢甲从小就胸怀大志，“毅然以天下为已任”。后来丘逢甲中了进士，并钦点工部主事虞衡司。但他对在朝廷中做官没有兴趣，便告假还乡，在台中府衡文书院讲学。
甲午战争爆发后，丘逢甲以为台湾孤悬海上，日本觊觎已久，曾对友人长叹道：“天下自此多事矣！日人野心勃勃，久垂涎于此地，彼讵能恝然置之乎？”在危急之下，丘逢甲提议组织义军，以加强战备。唐景崧后来命丘逢甲总办全台义勇事宜，“遴选头目，招集健儿，编伍在乡，不支公帑，有事择调，再给粮械”。1895年3月，丘逢甲组成了十营义军，防守台北。
翁同龢与甲午战争谢俊美
翁同龢与甲午战争谢俊美
1894年7月至1895年4月间，亚洲的东北部硝烟迷漫，战火纷飞，后起的资本主义日本一手挑起了侵略朝、中的甲午战争。
中日对朝鲜的争端刚一发生，户部尚书翁同龢就与另一名大臣吏部尚书李鸿藻奉命参加“会商交涉事宜”。战争爆发后，张之万、额勒和布休退出军机，翁同龢、李鸿藻第二次授任军机大臣。督办军务处成立后，又被任命为会办军务大臣，直接参与有关战争的战略部署以及媾和立约谈判的重大活动。战争期间，翁同龢坚决主战，反抗日本侵略，并同西太后、李鸿章的妥协投降活动进行了针锋相对的斗争。翁同龢位列枢垣，权参机要，是主战派的实际领袖人物，他对甲午战争的进程有直接影响。
翁同龢与甲午战争的关系，概括起来，大致有以下几方面。
一、坚决主战，反对日本对朝、中的侵略
日本自1868年明治维新后，迅速走上对外侵略扩张的道路。从19世纪70年代起，出兵台湾，吞并琉球，武力强迫朝鲜签订不平等的《江华条约》。这股从东南沿海涌向东北的恶浪，预示着新的战争风暴的来临，引起了中国有识之士的严重关注。还在1880年琉球事件发生时，翁同龢就指出：“倭患起，东南无宁岁，台湾首当其冲。”1884年日本制造侵朝的甲申流血事变。他说：“朝鲜备受日本欺侮”，“将来高丽内政，日恐当干预，不可不为预防计”。①所以，当中日朝鲜问题交涉一发生，尤其是日本提出厘订朝鲜内政的所谓改革计划后，翁同龢就明确地指出：日本行动是变更朝鲜的“政事”而“不认为中华属国”，中国决不可坐视，“听之，则失我屏蔽，藩篱尽撤，益形猖獗，后将无以为国”②，主张清政府立即采取断然措施。但主持北洋防务、担负实际军事责任的直隶总督兼北洋大臣李鸿章在“重外交，轻军事”的思想指导下，执行了一条妥协退让的投降路线，企待国际调停，制止日本侵略。
1894年6月，侵朝日军已达1万多。“分布仁、汉，拆王城，修炮台，有凡险要，悉为占据”。战争大有一触即发之势。李鸿章仍迟回审顾，迁延不决，对战事不作布置。翁同龢见此大为着急。6月25日，他对光绪帝说：“李相添兵仅以三千勇屯仁川、牙山一带，迟回不进，嘻，败焉。”“日军大至，此大可虑哉!”再次呼吁朝廷迅筹对策。7月16日，光绪帝接受主战舆论的要求，谕令军机大臣、总理衙门大臣会议讨论，并令翁同龢、李鸿藻一起与会。会上，翁同龢、李鸿藻“力主添兵”，建议调集东三省及旅顺防兵速赴朝鲜。在复议的奏折中，翁同龢第一个列名，以表明自己反对日本侵略的主战立场。
翁同龢、李鸿藻的主战建议得到光绪帝的支持，这使翁同龢、李鸿藻大受鼓舞。他们表示一定“佐少主，张国威”，全力支持光绪帝领导这场反侵略斗争。
在光绪帝的谕令和主战派的强烈要求下，李鸿章不得不对军事稍加布置。一面派卫汝贵、马玉昆、左宝贵等人统兵入朝，开赴平壤；一面雇用英轮分批运兵二千增援牙山的中国驻军。这时，翁同龢已从盛宣怀的密报中得知“全韩海口尽为倭占”，因此建议军机处立即请旨“严催卫、马、左选队星夜驰抵平壤”。但李鸿章未采纳这个意见，以致入朝清军动作迟缓，直到八月中旬才相继到达平壤，而海军根本不敢派大队出海，只派了“济远”、“操江”两舰护送牙山的援军，这就进一步助长了日军的侵略气焰，造成日后军事上被动挨打的可悲局面。7月25日，日军在丰岛海面偷袭中国运兵船，随后，又向牙山的中国驻军发起进攻，正式挑起侵略战争。