札萨克旗制是仿蒙古的盟旗制建立的，主要在北疆东部实行，规模不大。最为常用的是伯克制，伯克是维语中“官长”的意思，原来是世袭的，独立统领部民，清朝实行的是改良后的伯克制。废除了原来的世袭制，改为流官，可以任免，但仍然选用当地的土豪，伯克会被授以品衔（三品到七品），权力缩小很多，不像原来，在某地一人说了算，而是仿照中原官制，在清庭官员的管理下把人都集中起来，伯克们都只管一摊事物，比如管理地税的噶杂纳齐伯克，品秩五品，管刑事的哈资伯克，六品。在伯克们行使权力的同时，还得处于清廷驻疆官员的监视之下。关键是不允许伯克担任宗教职务，伊斯兰教地区最怕政教合一，清廷在这个问题上看得是非常清楚的。
应该说，清朝对西域的掌控还是比较有力的，各项制度也比较合理。我们基本可以肯定，如果清朝没有巩固对西域的统治的话，那么在清末便无力跟俄国争夺西域。因为很难想象清朝大军的后勤基地是在兰州，从兰州千里迢迢输送兵马钱粮到伊犁，恐怕是不符合实际的；也无法想象若不是清朝的军政机构在西域跟当地官民磨合了那么多年，西域民众会心甘情愿地跟清廷一起抗击沙俄。
接下来的吐蕃就更敏感了，我只能简略说明了。元朝以前是朝贡关系，这肯定没问题，元朝过后，一般认为是归入了版图。应该这么说，元朝以前两者之间的朝贡关系类似中国和日本，元、明和西藏的关系则类似中国和朝鲜，差不多就是这么个意思。说到这里，我已经很犯忌讳了，所以不可能再具体展开。不论是谁支持或反对这个观点，我都会以沉默相对，原因不解释。
西藏，佛教区，但政教合一久矣，为了解决西藏问题，清朝统治者可谓煞费苦心，一直在琢磨，一直在改。其实清朝的政局有一个非常显著的特点，就是什么问题都在改。这种情况在五代十国以前的中原王朝身上常见，在宋、明就少见了，读宋明历史有一点是比较轻松的，所有的制度只要你了解了就完了，终其一世都没有什么太大的变动；清朝麻烦，从不死抠礼法，什么制度都改，几乎每朝皇帝都要搞点新花头，反正怎么实用怎么来。
边疆问题也一样，我说的都是比较成熟以后的制度。清朝治理西藏的方法，有几条是清朝治理边疆常用的，建立驿站、理藩院管辖，等等，但最关键的是设立了驻藏大臣，直接管理西藏事务，当然也是带着军队进去的，军事、行政都管，宗教也管，具体不多讲了，反正职权很大。政教合一的地方就是麻烦，我相信今人对这个问题也是有比较深刻的理解的。应该说，清朝在这类问题上处理得还是比较恰到好处的。不过，驻藏大臣是开先河的，之前没有一个王朝派遣机构进入西藏常驻。知道这意味着什么吗？西藏是在清朝时才真正归入中国版图的。
然后到西南，西南也有土司，那种世袭的贵族差不多都是土司。中国边疆地区，这种土司是非常多的，西域和西藏也很多。应该说，任何文明的初期其实都是这种状态，华夏也是，早年的分封制度说穿了就是一群土司，只不过华夏的“包装”更精美一些，花头也多一些，本质都是一样的。有些地方，比如欧洲，这个阶层越往后就越强，中央完全控制不住，最后整个欧洲被贵族们瓜分了；中原地区则是这个阶层越来越弱，秦始皇是一个转折点，以后中央的力量越来越强，最后这个阶层被全面消灭，全部改为流官；中国边疆地区的文化进展大多比较缓慢，所以还是保持了比较原始的状态。这也是中原王朝治理边疆的矛盾点——流官和世袭的矛盾，或者称为国君和贵族（严格意义上的贵族，秦始皇以后贵族的势力就小了，世袭的才是贵族，流官不是，魏晋南北朝的世族其实就是中国贵族势力的最后反扑，唐朝以后完全消失了）的矛盾。
其中，西南的土司是比较有代表性的，多是一些比较原始的土司。历代王朝也做了很多工作，到了明朝的时候情况好些，就开始改土归流（改土司为流官）了，但规模不大。真正大规模的改土归流还是在清朝，但也没有彻底解决。而且西南也不是边疆的重头戏，简单说一下。
最后就到小岛台湾了，也是个不能说得太明的地方。郑成功取台以前，从来都是朝贡关系，市面上的史料是肯定看不到了，说的很含糊，但其实是很明显的，如果是明朝的直属地区的话，荷兰人和西班牙人不会这么轻松就占据了的。郑成功在整个取台期间，针对荷兰人的军事行动其实只占有为数不多的一部分，因为荷兰人很难说是把整个台湾纳入自己的殖民地，仅仅是在基隆等少数地方建立港口和军事据点，用于贸易，如果要用一个词来形容的话，或许称为“半殖民地”更合适。那么，郑成功其他的军事行动是针对谁的？——这事不能说太细。
清朝取台以后就设府县了，然后又设省，直辖了。严格来说，台湾也是在清朝才归入版图的，至少也是在明末清初这时节。
应该说，汉人王朝中，汉朝是能看见这种开疆拓土的味道的；魏晋南北朝就乱了，自保尚且不易；唐朝的国际环境最为恶劣，能打成那样也不容易；往后的宋、明就不行了。接下来要往外拓展，只有在游牧王朝身上能看见了，主要就是两条特点，一个是冲淡了礼法，儒家的统治方式不严格，那政局就没有那么僵化，另一个就是心态比较紧张，再小的问题，也会当做很大的问题来处理。两个游牧王朝，元、清当中，又以清朝为最。分两个方面来看：
第一，蒙古人杀进来的时候，汉人早已处于风雨飘摇、支离破碎中，三百年来，众多胡人杀进杀出，中华大地四分五裂，所以蒙古人仍然迷信屠刀，我说过，他们不会轻易改的。对于边疆问题也是如此看待，能杀服的就杀，不能杀服的，或者说最好不要去杀的（比如西藏），保持着朝贡关系也就算了，元朝的边疆地区，总的来说还是比较摇晃。清朝，在入关以前几十年中都仅限于辽东一省，所以不论碰到什么问题都开动脑筋，想方设法把成本降下来，也比蒙古人显得有脑子。在统治全国的时候，蒙古人完全就是拿关外的那套东西直接移接到关内来，整个元朝感觉就是一群土匪在治国，满人就还会扮一扮书生。在治理边疆的时候，清朝会针对各个地方的不同情况，制定符合该地区实情的政策，有些政策感觉不适合了，立刻就改，最终形成治理边地的制度。
第二，还是要强调周边地区的实际情况，关键是“两胡”民族性的改变。元朝控制东北的有力程度，肯定及不上清朝控制蒙古的有力，其他地区也都是这样。清朝是赶上了好时候了，元朝以前是群狼互咬，即使哪方侥幸咬败了另一方，自己也剩不下多少力量了，清朝则是独狼一只，周边全是羊，舞台大了，发挥的空间就大，我还是那句话，满人跟其他游牧民族相比没什么特别的，仅仅是周边的环境变了而已。从这个角度上来说，前面的第一条也应该纳入这条，另外，还是要再强调一次汉人的问题，明朝比起清朝时的环境，应该是差不多的，但汉人自己弄得话，政局实在太僵了，搞不出花头。明朝的领土及不上清朝的一半。