反水以后扛着的大旗肯定是恢复华夏衣冠，辫子一剃就能得到相当广泛的响应，周边的义军也纷纷举事。广东全省反，江西除赣南以外也反了，安徽的反清势力也闻风而动，山西的规模比起前两者小一点，但威胁却更大，大同一丢，多尔衮疼得要命，各路大军云集山西，多尔衮本人在北京城也坐不住了，两次跑出来亲征，情况最恶劣的时候除了太原等几个城池，山西全境皆失。
从这一年年初开始，清廷一直都绷紧着神经，要到第二年的下半年以后，经过近两年时间的全力镇压，情况才逐渐缓和。
此间，各省的义军也乘着这声势纷纷起事，抗清斗争如火如荼地展开，将这次斗争推向了最高丨潮丨。
鲁监国在1648年上半年，收复了闽东北三府二十八州县，与此同时，郑成功在闽东南抗争，省会福州俨然已成孤城。
山东的义军也打得有声有色，主要是谢迁军和榆园军，尤以榆园军打得格外出色，到多尔衮死都没镇压下去。其他的山东义军与之遥相呼应，据说还有鲁监国的敌后势力在当中发挥作用，山东、山西离京城最近，影响尤为巨大。
顺治五年二月，豪格大军前脚刚离开四川，后脚川民就起义了，不少已降将领也跟着反水，规模巨大，其实自从豪格大军走后，清廷再度入川的计划一直被其他的事情打断，大约近十年时间，清军不过是在川东北伸了一只脚，主要采取守势。
多尔衮知道四川并非一朝一夕可以收取的，非得等其他地方稍许平定以后才能大举入川，但为了保证秦川不丢，也为了能及时处理蜀中的大事，非要有一员猛将长期驻扎于此。这时候他想到了吴三桂，令其携家带口，和镶蓝旗的汉军将领李国翰屯兵汉中，吴军属下的很多辽民终其一生都未再返回此地。
汉中是四川盆地和关中盆地之间的咽喉要道，而且自成一个盆地，尽管比较小，但地形险要，盆地一头是入川的大门，一头是出秦的大门，换句话说，如果四川和陕西分属两个不同的政权的话，那么汉中的归属将显得尤为重要。多尔衮令吴三桂屯兵于此，既可以成为入川的基地，又可以扼控西北。果然，豪格大军刚走，甘肃回民起义，多尔衮只能再发大军征讨，统兵的是屯齐，好不容易镇压下去，等到吴三桂来到汉中，陕西又乱，榆林、延安全都丢了，此时山西已经起事，晋、秦一起乱，山西义军还发兵进入了河南，黄河两岸的情况十分险恶。吴三桂只能和李国翰回师西北，打了一年多情况才好转，但小规模的暴动仍然很多，直到顺治七年战事才渐渐变少。
原江北四镇之一的刘泽清自投降后一直居住在北京，顺治五年五月，见到处都在乱，估计清朝也快差不多了，打算“反正自赎”，万一江山重回汉人手里，也能在新朝那里算上自己的一份功劳。便召集了亲信进京议事，约定八月反水，令其在山东举事，自己则在京城动手，结果事泄，刘泽清被清廷处死，山东倒是打得不错，攻下了若干州县，要到济尔哈朗亲自出马后才被镇压下去。
云贵则一直牢牢地掌握在西政权手中。你自己算算，全国只有多少地方是太平的，而且我刚才说的都是规模比较大的势力，各地小规模的抗争从来都没有断过。
面对这种情况，多尔衮采取坚决镇压的态度。最先反水的是江西，江西一反，整个华中的形势变得无比复杂，湖北的反清势力也蠢蠢欲动，清军立刻收缩兵力，放弃湖南，只屯了为数不多的清兵，三顺王等主力全部撤入湖北，以求江北的稳固。不过在这段时间内南明军队并没有把握住机会收复湖南。
三月，多尔衮派遣固山额真谭泰和何洛会进军江西，此二人并非皇族，原来是豪格的人，多尔衮得势以后最先投靠，被引为心腹，此时才有这个建功立业的机会。
江西和广东之间唯有赣州未破，驻扎在这里的清军还挺猛，接连抵挡住来自江西和广东两个方向的三轮进攻，使之未联成一片。金声桓首先进攻此处，打了一下，没打下来，又听闻清朝大军已经前来，赶紧回师南昌。七月，清军已经包围了南昌，开始了围城消耗战。
此时李成栋已反，但清廷已经顾不得这南方的偏隅之地了，任其发作，李成栋便在八月间率兵攻打赣南。结果赣南清军乘着李成栋立足未稳，冲出城来攻击，李军被打得措手不及，立刻败退。
九月，多尔衮为保证华中的稳定，派济尔哈朗率军重夺湖南，顺便在山东逗留了一下，解决刘泽清的部队。济尔哈朗此时的地位已经降为普通的统兵大将了。
十二月，大同姜瓖反水，清朝面对的局势恶化到了低谷。离大同最近的阿济格最先赶到，把城围了起来，总算是没让他跑出来。这会多尔衮是真正疼了，江西、广东在南方，最近的江西离北京也有几千里地，急攻、缓攻都可以，大同可非同小可，破宣府、居庸关就到北京了。多尔衮极力安抚姜瓖，告诉他只要他愿意投降，还是可以免其死罪的，姜瓖当然不会相信这种鬼话。多尔衮无奈，只能全力攻取，尽管此时各地都乱得一塌糊涂，多尔衮还是把最多的兵力集中在山西，将京畿地区的待命部队尽数开往前线。
此时已经改称皇父摄政王的多尔衮和清廷的高层，就是在这种情况下度过新年的。
第二年（顺治六年、永历三年、1649年）年还没过完，多尔衮就迫不及待地派出了尼堪进入山西，和阿济格同围大同。就这样多尔衮仍嫌不足，决定亲征大同，自山海关大战以后，多尔衮再也没有领兵出战过，足见他对大同的重视。才出来没多久，就听说多铎出痘了，这病在当时来说差不多等于患了癌症，而且是急性的。多尔衮什么心思都没有了，立刻返回京城，刚走到居庸关，就听说多铎病故了。也许多尔衮此时会想到幼年时他们兄弟三人曾同失慈母，又遭人打击，兄弟三人相依为命共度难关，依靠他们自己的才干，成为了皇太极的左膀右臂，皇太极去世后他们又斗败了豪格，如今的多尔衮已是皇父摄政王了，清国的第一人，多铎也出任了辅政叔王，他的接班人。可就在此时多铎突然去世，想到幼年时的境遇，又想到此时的荣耀，恍如隔世……多尔衮必定肝胆俱裂、五内俱焚，也许在一个人的时候，会忍不住潸然泪下。
当然，好消息也有，南方的局势开始渐渐地稳定了。
该年正月，经过几个月的围城，南昌城已经支撑不住了，清军全力攻打，很快攻克了南昌。持续一年的江西反清势力以失败而告终。多尔衮赶紧召回谭泰、何洛会所统帅的大军，因为北方现在的情况更为严重。