此时刘良佐也已经投降，只有黄得功还在，朱由菘想去投靠他，路上有的地方衙门竟然闭门不纳。黄得功不知京城已经发生了重大的变故，朱由菘突然驾临，感到莫名其妙，一问才知，难得他硬了一回，决定和清军交战。战场上，他手下的将领突然倒戈，杀了他，又把朱由菘献给了清军，后被清军送至京城，不久被杀。弘光朝廷完全覆灭。
其时，李自成兵败南下，跑到了左良玉的辖地，他早被李自成打怕了，想往东跑，由于之前没有议立福王为帝，所以没分得什么好处，便想乘此机会发难，打出了“清君侧”的招牌逼宫，结果半路上病死了，余部由其子统领。马士英急忙调黄得功、刘良佐率兵阻击。真是屋漏偏逢连夜雨，船迟又遇打头风。
多铎大军就是在这种情况下前往江南的。江北四镇本来就所剩无几，刘泽清也抢了一把跑了，不久投降清军，剩下高杰部的将领也多投降了清军。多铎所到之处，南明军队望风而降，几乎没有遇到什么阻力，史可法的驻地扬州已经暴露在清军的铁骑前了。四月十七日，多铎的部队已经在离城二十里的地方扎营了。第二天，清军兵临城下。
史可法檄调各路兵马，除了刘肇基领了四千兵马前来，无一应者，还有将领赶入扬州，想劫持他一起投降清军，事情没闹成。此间，多铎欲招降史可法，史可法当然不会同意。
二十四日夜间，多铎决定攻城，清军开始用大炮轰击扬州，城墙数次倒塌，又数次建立，到了第二天，情况并未好转，很快城破，扬州城其实只守了一天就丢了。刘肇基战死，史可法欲自刎未遂，被清军抓获，宁死不屈，最终被害。
进城之后，多铎以扬州抵抗清兵为由，下令屠城，除了少数人逃出或藏匿以外，男女老少尽皆被屠。幸存者王秀楚记述了自己逃生的过程和所见所闻，名为《扬州十日记》，当时的国人是个什么状态，我想读完以后会有更深的认识。
目前没有材料表明此事跟多尔衮有关，不过我以为多铎不一定敢做这么大的事情，应该是多尔衮秘密授意的，命令多铎在攻破第一座顽强反抗的城池后屠城。扬州抵抗了，结果尽皆被屠，后来南京没有抵抗，结果一点事情都没有。这种剧烈的反差在以后起了不小的作用。后来日本人也学满人，跑到南京去屠了一次，然而此时的中国人早已不是当年的中国人，民族意识渐渐觉醒，民族智慧渐渐开启，这次屠戮非但没有像当年一样吓到中国人，反而激起了更加激烈的反抗。
至于史可法，我还是老观点，缺点就像海绵里的水，总是能够找到的。如果去要求他抵抗住清军的话，我想是非常不切实际的，南明此时的情况已经不是大厦将倾了，也不是回光返照，更不是弥留阶段，而是已经死了，只不过是心脏还在跳动罢了，这种情况医学上称为“脑死亡”，差不多就这么个意思。死人，还怎么救？也许史可法的水平比较蹩脚，但他的气节，则应长存。看看清军南下以后各路大军的表现，史可法手头上就那么点军队，放眼长江以北，全部都是清军，这跟当年袁崇焕孤守宁远时的情形何其相似。但这群人都是不要命的主，抱着必死的信念依然坚守自己的职责。其实当时史可法跑就跑了，降就降了，弘光政权根本没有能力管，对于这样的人，我不想再苛责什么了，事实上我也很少苛责别人，他能做到这一步，已经很不容易了。南明，不是人可以救回来的。
五月初，多铎已率军渡过长江，朱由菘等人出逃，江南守军皆无斗志，传檄而定，十五日，多铎兵不血刃地占领南京，文武百官，或降或逃。
此时刘良佐也已经投降，只有黄得功还在，朱由菘想去投靠他，路上有的地方衙门竟然闭门不纳。黄得功不知京城已经发生了重大的变故，朱由菘突然驾临，感到莫名其妙，一问才知，难得他硬了一回，决定和清军交战。战场上，他手下的将领突然倒戈，杀了他，又把朱由菘献给了清军，后被清军送至京城，不久被杀。弘光朝廷完全覆灭。
朝廷当然不能断，潞王又称监国。不久，这位有贤名的藩王就投降了清朝，被押送北京，和朱由菘一起被清廷处决。左良玉部也投降了阿济格大军。
清军南下以后，仅多铎部就招降了明军二十三万余，连同阿济格招降的，加起来超出八旗军数倍，直追满人的总人口。如果谁还是想要一个一个骂过去，我想是一件非常庞大的工程。
不久，两路大军都北还，当然，不是全部撤军。四大汉王也随军返回，多尔衮给了些赏赐，让他们带着家眷返回关外的封地，短期内并未参加接下来战争。我想大概是出于这么几个方面的考虑：
第一，这些汉军也确实需要休整，而清军目前统治的区域还不算十分广阔，关内的土地和城市房屋差不多让八旗将士都瓜分完了（八旗士兵入关后每人给地30亩，免收租税），没多余的地方给他们，只能先返回辽东安顿。
第二，前面说过，清廷对汉人是最不信任的，但也分三六九等，信任度从高到低依次是汉军八旗、独立汉军、绿营降兵，那帮入关以后投降的多划入绿营兵。此时清朝刚入关，立足未稳，最倚重的当然是八旗军，绿营兵也不能少，因为这帮人就是投降过来的，不留在关内打仗，还能放到哪里？八旗军留在关内，主要跟绿营兵打交道，若再有独立汉军在，事情就变得无比复杂了。所以让他们暂时返回关外，等到关内的情况稳定一点了，也找好让他们屯驻的地方了，再让他们进来。
第三，多尔衮此时已经下达了剃发令，激怒了汉人，很容易促使汉人同仇敌忾。八旗汉军清廷倒不担心，没什么领头人，何况“汉奸”都当了那么多年了，辫子也留了很久了，早习惯了；绿营兵是没法子，没地让他们待，何况八旗兵就那么点人，主要还是依靠他们平叛；独立汉军就不同了，地位甚至超过汉军八旗，还都有领头人，当年就是他们一声令下，全军及其家属投靠了清朝，万一到时候再一声令下，着实让清廷担心，不如放到关外，等这一阵的风头过了再说。
第四，现在八旗兵正和绿营兵处于“蜜月期”，民族矛盾还没有完全凸显出来，绿营兵现在做点什么都十分卖力。而多尔衮心中清楚，这帮人是最靠不住的，等“蜜月期”一过，很多人都会跟清廷闹翻的，到时候养精蓄锐多时的独立汉军再杀入，会是一支十分强劲的生力军。
孔有德和耿仲明的封地在沈阳附近，尚可喜回故乡海州，也就是今天的辽宁省海城市。而吴三桂的封地就在辽西走廊上，当他带着部队回到他出生的地方，面对这块明清双方曾反复争夺的土地，面对着这暂时的宁静，真不知道此时已身为清朝平西王的吴三桂有何感想呢。
第三节剃发令
多铎的胜报送到北京没多久，多尔衮便在六月间下达了一条令汉人痛彻心扉的命令：剃发令。剃发留辫乃满洲旧俗，其实不光是满洲一个民族，古代很多游牧民族都有剃发的习惯，具体怎么剃没准，至于这辫子怎么留也没个准。满洲的习俗是把头发都剃光了，仅留头顶附近一小撮，扎成辫子，这辫子要很细，至少要能穿过钱眼，有人就因为这辫子不符合规定被砍头的。只不过到清末的时候清王朝的统治力转弱了，这辫子才渐渐变粗了，变成现在电视剧中的形象，其实原来是非常细的。