到了九月，城中的东西已经食尽，除了人什么都没了，还用动脑筋吗？当然吃剩下的人啦。官军无可奈何，最后挖开了黄河大堤，以图阻止农民军的攻势。你会挖，我不会挖？李自成也派人挖，直接把开封城给淹了，最后除了藩王、官员和少数缙绅坐船逃脱外，其他人统统喂了鱼鳖。
崇祯别无他法，只能摸出最后一张王牌，就是关在监狱里面的孙传庭，当年的正月，孙传庭就被放出来了，崇祯询问他征剿之策，孙传庭被关了三年，对外界一无所知，还以为农民军是当年的那种情况，说是只要五千人就足够了，崇祯很高兴，令他带兵西行。孙传庭一出京畿就知道真实情况了，没法子，只能硬着头皮告诉崇祯起码要军饷百万两才能搞定，气得崇祯破口大骂，当然，他也给不出这么多钱。
当时围剿农民军的部队中有陕西的贺人龙和湖北的左良玉两部还算比较强，两个都是军阀，孙传庭一到陕西就按照崇祯的秘旨处死了贺人龙，还好贺人龙的势力比较小，没有闹出太大的乱子。之后崇祯便一再催促孙传庭出关，孙传庭才刚到任，原来的旧部也不知道死活，新练的兵士很多，本不想出战，但迫于崇祯的压力，只能提兵出潼关。当时有官员提出最好别再把部队开往河南送死了，干脆放弃河南，各部军队死守自己的地盘，还能勉强撑两年。老实说，在当时这种情况下，这是唯一可行的办法。当然，理学的王朝是不会接受这种合理意见的。
孙传庭在到达潼关的时候已经得知开封失陷的消息，便向南阳进发。十月，两军会战郏县，孙传庭先胜后败，但总的来说还是败了，部队被冲得七零八落，死伤数千人，七八十位将校被斩。崇祯最后的王牌被轻易击溃，孙传庭上疏请罪，崇祯不敢再关他了，令他立功自赎，河南全境望风归附，只剩下崇王的封地汝宁府还在杨文岳的控制中。此时阿巴泰率领的清军也已破关南下，明王朝正处于风雨飘摇之中。
当时农民军经过多年的整合，大致分为三大部：一部是李自成、罗汝才，主要在河南活动；一部是张献忠，主要在湖北；一部是活动在河南、安徽、湖北三省交界处的“革左五营”：革里眼贺一龙、左金王贺锦、老回回马守应、治世王刘希尧、争世王蔺养成。其中李罗联军和革左五营的势力最大，且难分伯仲。
这一年的十月，李罗联军击败孙传庭后，革左五营决定前往河南与其会合，共同围攻汝宁。闰十一月，城克。从崇祯十三年下半年李自成进入河南至此，在这短短两年多的时间里，农民军不仅多次击败明王朝的援军，还占领了河南全境，而且占住还不走，完全在河南站稳了脚跟，预示着明王朝的覆灭已可跷足而待了。
李自成等部在攻克汝宁以后，马不停蹄，继续进军湖广。从崇祯十五年底到崇祯十六年初，李自成在湖广所向披靡，左良玉带头逃跑，官军四处奔逃。农民军的地盘越来越大，这种多位首领并存的局面当然不可能长久。当时除了李自成以外，罗汝才是比较强的，革左五营中的贺一龙和马守应也比较强。崇祯十六年三月，李自成宣布了罗汝才和贺一龙“通敌”的“罪状”，将两人袭杀。首领被杀，剩下的将领开始时并不服李自成的管辖，这在当时的农民军内部造成了比较大的震动，还有的率部投降了明朝，李自成费尽心机，终于稳住了局势。他还想降服另一位首领马守应，但马守应并不想归附，率部出走，后来病死，余部被张献忠收编。最大的几位首领非走即死，剩下的几位苗头轧下来也只能接受李自成的节制了。至此，原来互不统属的各支部队，除张献忠外统归李自成管辖，完成了内部的统一。
当时明王朝还有三部军队还算能打，一个是关宁军，一个是左良玉，一个是孙传庭。关宁军自松锦大败以后吴三桂几乎孤守宁远，防守且难，更谈不上入卫；左良玉根本不听调令，以关内目前的局势，崇祯暂时也不能动他；剩下的就只有孙传庭了。
崇祯十六年五月，崇祯任命孙传庭为七省总督，领兵部尚书衔，全权负责中原战事。崇祯只有这最后的老本了，以当时的情况而言，只有让孙传庭窝在陕西，李自成不论朝哪个方向打都有后顾之忧，打陕西的话孙传庭可以依托潼关采取守势，还能稍微拖几年，朝中的部分大臣和孙传庭都知道只有这么干才是办法。孙传庭在出关的时候就知道必败无疑，但是没办法，因为按照理学的观点，如果在秦川观望就等于养寇，养寇就是为了自重，自重是为了谋反，所以观望就等于谋反，这顶帽子孙传庭可戴不起，尤其是对于已经蹲过一次班房的他。
在朝廷的一再催促下，孙传庭只能起行，毕竟他不是军阀。八月十日，孙传庭带着明王朝所有可以调动的老本出潼关，就在前一天的晚上，皇太极去世。初期，孙传庭进展顺利，但都是一些无关痛痒的小仗，其时，官军已收复洛阳，李自成一路南撤，诱敌深入。
进入九月，官军已经深入，适逢漂泊大雨，道路泥泞难行，后勤补给已经有点跟不上了，李自成还派刘宗敏率轻骑抄了孙传庭的粮道。孙部军队顿时军心大乱，有人建议干脆回军就食，孙传庭认为仗都打到这个份上了，干脆博一把，到郏县再开饭，也对，这次出关本来就是必输之赌，谈不上什么稳扎稳打。谁知李自成采用的是坚壁清野的战术，郏县根本没剩多少吃的，数万大军很快就吃完了。
孙传庭无奈，只能留下部分军队，自己率领最精锐的本部秦兵回军打通粮道，被留下的军队忿忿不平，以为孙传庭抛弃了他们，自己却回去吃饭了，顿时人心惶惶，就跟在孙传庭后面跑，军队大乱。李自成趁势下令发动总攻，官军大败，众将领各自逃生，物资尽弃，孙传庭仅率数千人渡过黄河，退入潼关。
十月，农民军已转入战略总攻，直接将军队开往孙传庭的驻地。很快潼关被攻克，孙传庭死于乱军之中，其妻率二女三妾投井自尽，或有一个八岁儿子被安排到民家收养。
孙传庭忠于自己的信仰，“生当作人杰，死亦为鬼雄”，可叹生不逢时。其实包括之前的所有人，也包括崇祯，还包括吴三桂，都不必为明王朝的灭亡负责，当中很多人都已经尽力了，他们所犯的错误其实也并不大，他们真正做错的事情就是生在了崇祯朝！
没几天工夫，西安就被攻克，年关以前，西北全境传檄而定。第二年正月初一，李自成在西安正式建国，国号顺，当年为永昌元年。这一年的新年，西安城内和北京城内完全是两幅景象。年刚过完，李自成便统领大军自西安而出，目标直指明王朝的统治中心——北京。
张献忠自跟罗汝才分道扬镳之后，转战于湖北、安徽，可能跟李罗联军会合过，也可能跟革左五营会合过，但时间都不长，联合也不稳定，基本都在单干。李自成南下湖广的时候，张献忠不敢跟李自成较劲，往南跑到湖南，以后又进入了四川。
面对这种情况，如果清王朝不能妥善处理皇太极死后所产生的风波的话，那么，他将永远失去入主中原的机会。