第三节主动出击
清军走后，洪承畴被留了下来，率领本部精锐总领关外。本来也想留下孙传庭，但是孙传庭的秦兵没法留，上疏曰：“秦军不可留。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵。秦军妻子俱在秦，兵日杀贼以为礼，久留于边，非哗则逃，不复为吾用。”反正有两个意思，第一，精锐部队都去关外，农民军就没人剿了；第二，秦兵本来就是依靠秦地缙绅建立的，无法长期离开秦地。崇祯的疑心病又开始发作了，当时孙传庭耳聋已月余，又见不受信任便上疏乞退，崇祯以为他是以辞职要挟于他，顿时大动肝火，将孙传庭革职拿问，投进了大牢。一代英豪就这样进了苦窑。
卢象升死了，洪承畴走了，孙传庭被抓了，中原只留下熊文灿来根除农民军，崇祯对他还真放心。崇祯十二年三月，清军刚走，明廷便开始调兵遣将对张献忠等人磨刀霍霍了，不过张献忠也并非闹不清状况，积极整军备战，双方都清楚对方的战略意图，中原大地已经阴云密布了。四月，处于风口浪尖的谷城知县写下了绝命诗，因为他知道自己不是被张献忠干掉，就是后来被崇祯清算，尽管明廷也知道谷城知县为难，但就是不调离他，有他在，便可麻痹张献忠，不论有用还是没用，不过牺牲一位官员罢了。
五月初，当明廷的军队尚未集结完毕的时候，张献忠先发制人，率先在谷城反叛，已降的各部农民军纷纷起义，中原形势急转直下。不久张献忠和曹操罗汝才又大败左良玉一场，左良玉是当时比较强的部队，为了逃命连官印都丢了。明王朝回光返照的时间结束，剩下的日子只不过是弥留阶段罢了。
明王朝能用的人不多了，挑来挑去也只有杨嗣昌还能仰仗崇祯的威望出征。九月六日，杨嗣昌以督师辅臣的身份统军出发，崇祯亲自送行。崇祯经常会给剿灭农民军的将领规定剿灭的时限，时间到了，若是还没有完成便会大发雷霆，但是对于杨嗣昌则不必，万一立下了军令状他又没有完成就难看了。
十月，杨嗣昌到达襄阳和左良玉等官将会合。当时李自成还在大山里，看上去最麻烦的还是张献忠，杨嗣昌就把矛头对准他。左良玉等领兵追赶，次年二月，双方在玛瑙山相遇，这回张献忠的运气没那么好，不是大败，而是惨败，不仅精锐尽失，连妻妾和辎重也被官军俘获了。
杨嗣昌想根除张献忠，但左良玉也是军阀，不怎么听指挥，杨嗣昌当然不会学袁崇焕把他也剁了，那样的话，左良玉手下的人也要内讧，说不定又有人要航海辽东了。这种军阀还都有一个特点，乱世的时候朝廷不敢动他们，天下太平以后，崇祯第一要做的就是解除他们的兵权，所以左良玉为了保住自己的特殊地位就放了张献忠一个马头。杨嗣昌对此极其不满，想夺了他平贼将军的名号，转任给贺人龙，崇祯当然没有意见，谁知杨嗣昌又反悔了，结果把两个人都得罪了，左良玉干脆称病不出，将帅失和是军中大忌，农民军的机会就更多了。
下半年，农民军主力纷纷转入四川，杨嗣昌只能率军入川作战，地方部队还是不给力。半年之内的情况就是张献忠在前面跑，文弱的杨嗣昌在后面追，张献忠为了嘲笑杨嗣昌还写了首打油诗，最后两句是：好个杨阁部（指杨嗣昌），离我三天路。
崇祯十四年正月，张献忠又突然折回湖广，杨嗣昌顿时手足无措，急忙调兵阻击，大多数军队还是那半死不活的样子，左良玉根本不听指挥，少数追上的也无力打杀张献忠，张献忠抛开辎重，率领轻骑，一昼夜飞驰三百里。二月初，张献忠到达襄阳城下，襄阳非同小可，城内有藩王，而且是杨嗣昌的驻所，算得上半个省会城市。张献忠派遣内应入城骚扰，二月初五，主力大军到达，城陷。
张献忠找来了襄王，对他说：“我不要别的，只想借你的头一用。”
襄王：“千岁爷爷饶命，府中的金银珠宝，你可以随意取走，只求放我一条生路。”
张献忠：“你有什么办法让我不拿吗？”张献忠这个话倒是对的，接着说，“你的人头我要定，这样就能把杨嗣昌的人头给带下来。”
意思就是说藩王若是让农民军给宰了，那么督师阁臣必定罪责难逃，杨嗣昌必死无疑。其实不会，凭崇祯和杨嗣昌的关系，是绝不会舍得杀他的。当时杨嗣昌在外，崇祯写信给他，信中的语句十分动情，连一些琐碎的小事也会提及，根本不像是君臣之间的信件，反而更像是兄弟间的，尽管两人的岁数相差还是比较大的，属于忘年交吧，再跟洪、卢等人的信件一对比，就非常清晰了。杨嗣昌在追着张献忠跑的时候，弹劾他的奏章海了去了，若是换了别人，以崇祯那脾气早就龙颜大怒了，可那些奏章都让崇祯给压下去了。巧是也巧，三月初一杨嗣昌就死了，所以很多人误以为张献忠的计策成功了，杨嗣昌是畏罪自尽。其实就是病死的，当时杨嗣昌已经病重，加上急火攻心顺带累着了，一口气没提上来就走了。他死了以后，廷臣还是不放过他，光“失藩封”一条罪，就足够开棺戮尸了，崇祯一概置之不理，反而还追赠为太子太保，并对廷臣说：“杨嗣昌死后，廷臣无能剿贼者。”这种话是很能说明私交的，也证明了杨嗣昌并不是畏罪自尽。同时，我们也可以看出，杨嗣昌之死比起那些藩王的死，更让崇祯伤心。杨氏父子两代人为了明王朝的存亡可谓兢兢业业、费尽心机，也算对得起早年所读的儒家经典了。我以为杨嗣昌的水平是比较高的，我几乎可以说是明朝崇祯年间的第一高手，可叹生不逢时。
崇祯十三年下半年还有一件大事——李自成再次出山了，从上次被孙传庭打残以后，李自成一直窝在四川、陕西、河南、湖广交界处的大山里面。崇祯十二年，张献忠重新起义，李自成就看到希望了，但他当时手头上的人数太少，没有太大的作为，主要还是在山里面打游击为主。崇祯十三年夏，官军的包围网越来越松，李自成率兵突入河南，一开始的兵力仍然很少，也就几百人，但是河南的许多旧部和难民纷纷投靠，军队成几何形地暴增，很快就增加到了几十万，一发不可收拾了。年底，李自成杀了一个郡王，连拔四十八寨，克十数县。大约是在这个时候，李自成改称闯王。
第二年正月，闯王的军队开到了洛阳城下，洛阳也是个大城市，地位和襄阳差不多，也有藩王分封于此，就是郑贵妃那儿子福王。跟张献忠打襄阳的过程雷同，先派内应，然后里应外合，很快就攻克了洛阳。福王父子出逃，福王被抓住了，世子朱由菘逃走了，朱由菘就是后来南明的第一位皇帝，郑贵妃若知自己的孙子总算是当上了皇帝也能合眼了。
李自成在周公庙举行了一次宴会，把福王和鹿放在一起煮了吃了，美其名为“福禄（鹿）宴”，又是一次吃人的事件。
李自成攻克洛阳和十几天以后张献忠攻克襄阳，标志着农民军逐渐掌握了战争的主动权，从被打变成打人，往后就不再是官军在剿流寇了，而是农民军在推翻一个腐朽的政权。以前从来都是四处乱跑，最多也就是打一些县城、府城，但这两座都是大城市，“农村包围城市”的“战略”已经取得了初步成功。明王朝和农民军之间的胜败再无悬念。