然而要实行这个方针是很不容易的，首先就是要增练精兵十二万，加饷二百八十万两。因为是剿灭流寇而用的，故称为剿饷，连同之前的辽饷和日后征的练饷，就是明末的三饷加派。征收的方法比较多，捐出一批监生，从裁减驿站的银子中抠出部分，但最主要的还是地税，土地多的交得也多，土地少的交得也少，好办法，但无法落实。我们知道，中国最有钱的人是从来不交税的，如果你还交税，说明你还不够有钱，真正的权贵是用税的，最终，还是最贫苦的普通大众来买单。
对于这件事情，日后的历史学者几乎众口一词，认为这次加饷是导致明亡的一个主要原因。对，也不对。现在的情况是：加饷，明朝死，不加饷，明朝亦死。就之前那种各管一摊的剿法，早晚还是让人给推翻了，反正都是死，不如博一博，来一击猛药，输赢就看这一把。这句话我说了好多遍了，如果在王朝的中前期，即使明廷就这么加饷了，情况有这些人说的这么夸张吗？流寇能闹到这么大的规模，他压根就不是一两次失误的问题。
接下来就是总理的人选问题了，洪承畴和孙传庭在西北打惯了，真要调到东南未必合适，何况孙传庭的兵马是“以秦兵卫秦地，以秦饷养秦兵”，跟关宁方面一样，也是依靠当地豪族的支持才建立起来的，要领秦兵出省主剿也是可以的，但要长期驻扎在秦地以外是很难做到的。当时最适合的人选还是卢象升，对于这一点我一直没弄明白，为何把卢象升调去宣大，调去了还不肯放回来，现任的总理实在不值一提，只能另觅人选，杨嗣昌向崇祯推荐的是时任两广总督的熊文灿。
这位在南方做得也还不错，尤其是处理海盗问题，他招降了当时最大的海盗郑芝龙，也就是郑成功的父亲，以后又打击其他的海盗，沿海一时被肃清。此人若是生在索马里，应该会有很大的作为。
一天，一位太监来到广西说要采办珠宝，天子近侍，岂可怠慢，熊文灿日日作陪，竭尽奉承，三杯高粱下肚，太监苦叹中原事大，无人为皇帝分忧，熊文灿借着酒兴，拍案而起，大骂诸臣昏聩，若是自己前往，必定不负皇恩。谁知这位太监桌子比他拍得还要响：“好，实不相瞒，我这次来并非是采购珠宝，实是考察你的忠心，既然你有报国之心，我必定向皇上推荐你。”熊大人听了眼泪都要掉出来了，自己的人生理想也就是倚上次招降的功劳当几年太平总督，谁知道这位“半雌雄”跟他来这么一下，看来没事还是别瞎激动，当即改口，大谈“五难四不可”。太监说：“放心吧，皇上会解决的，如果皇上帮你搞定了你还是不去的话，哼哼……”熊文灿知道哼哼……是什么意思，只能带着懊恼的心情上任去了。
一切安排停当，从崇祯十年底开始，明廷集中了所有可以调动的力量，对农民军开始了总围剿。
围剿一开始，李自成就给崇祯送了一份大礼。当时洪、孙二人在陕西尽力击杀，李自成想入山西，没成，遂即分兵入川，短短一个月内，连破三十八城，横扫川北。崇祯气得直跺脚，连革了一批官员，老实说，崇祯干活还是很卖力的，这种败报我听得都麻木了，他还能这么激动。
洪承畴立刻领兵追杀，第二年，各路大军齐集四川，农民军继续“避实击虚”，又折回了陕西。孙传庭也急了，两人分工配合，洪专剿李自成，其余的人由孙传庭负责，不分昼夜地穷追猛打。李自成被逼得实在没办法，只能逃出塞外，可这么多人吃什么，不久又返回，冲破了祖大弼的防线，总算能暂时喘一口气了。孙传庭也取得了丰硕的战果，把西北的农民军基本扫平了。
李自成虽然逃脱，但屡受打击，所属兵马已经不多了。八月，官军又尾随而来，李自成部非死即逃，只能躲入深山之中。十月，李自成想再次出山，又被孙传庭击破，这回是连老本都赔进去了，只率领少量人马再次逃入商雒山区之中。李自成自崇祯十一年进去之后，就一直躲在大山里面，要到两年后才再次出山，但是，当他再次出山的时候，便是他势不可挡、官匪易位的时刻，并锁定明王朝灭亡的结局。
官军并非无心进山将其完全根除，但这项任务是非常麻烦的，明王朝的事情实在太多，这件事一直排不上日程。当时只有李自成等少数农民军还留在陕西，其余大部都流入了中原，所以中原的形势是最危险的。
崇祯十年八月，张献忠被左良玉击伤，奔走麻城。之后众首领就跟熊文灿在洽谈招抚事宜了。第二年正月，崇祯得知张献忠等欲降，杨嗣昌唯恐有诈，便出了个狠毒的主意：令张献忠击杀李自成等人，以表明真心归降。崇祯生怕错过了招抚的好时机，没有答应。杨嗣昌又出了主意，“阴杀”，农民军不是喜欢诈降嘛！那就将计就计，表面招抚，背地里再杀，崇祯仍然没有答应。
当时对张献忠投降之事表示不信任的人不少，但没几个能提出建设性意见的，其实这件事情崇祯是看得比较清楚的：“岂有他来投降，便说一味剿杀之理？”当时未降的农民军首领还有很多，刚投降就宰了，其他的会怎么想？陕西之地，农民军较少，又有洪、孙坐镇，官军才能取得这样的战果，中原势大，就靠熊文灿？把洪、孙、卢统统调来，再调关宁军入卫，勉勉强强还能剿一剿。类似的评述我在前面已经说了很多了，不再赘述，反正熊文灿的招抚是相当对路的。
当时闯塌天刘国能也请降，这位请降与之前不同，据说是奉母命，诚心悔改，有不少大臣也看出了这一点，以后也无复叛。张、刘二人的投降起到了很好的带头作用，当时这两部人马相当强，其他首领也看出了苗头，纷纷请降。
不过，这种投降是非常脆弱的，大多数首领并未解散军队，由自己统领驻扎，并不断向朝廷请要饷银、军械。张献忠受降于谷城，俨然是一县之长，他只不过是利用请降以获得喘息之机，搜刮粮食、打造兵器、招揽人才，其他的首领也都差不多。朝臣当然也看出了潜在的威胁，可是，能有什么办法解决呢？
崇祯十一年间，除李自成躲入山中以外，其余主要首领均投降明廷，一时中原“大定”。崇祯十一年（崇德三年，1638年）下半年到崇祯十二年五月间，关内竟出现了短暂的安宁，兵戈暂息。不过在我看来，这并非是明王朝最有希望生存下去的时刻，而是其死前最后的回光返照，暴风雨前的宁静罢了。在这短暂的宁静过后，农民军所爆发出来的强劲冲击力还不足以证明一切吗？