对后金而言，三汉王的投降无异于如虎添翼。首先，光投降的就两万多人，要知道这两万多人不是普通的老百姓，很大一部分是军队，无需训练，所有的武器和装备都是现成的，拉上前线就能打。后金再小也不至于急需这两万人，只是要从老百姓训练成军队就有够麻烦，还要配备武器和装备。所以两军对垒，最好的消息就是听说对方的军队要“反正”，因为投降一万人，对方就等于少了两万人。
不仅如此，尚可喜还献上了岛屿，这就进一步打击了明朝的海上防线。更重要的是，三汉王还带来了大量的军事技术和重要的军事情报，尤其是后金紧缺的战船、航海技术、航海人才。若说凭他们手下的那些人和后金此时的国力要打造一支完全胜于明朝的海军仍然远远不够，但要说解除明朝海军在辽东半岛附近对后金的威胁，则绰绰有余。
看来，毛文龙死后的余波一直持续到了此时。别看这些人在日后好像都成了一方诸侯，在世人眼里，个个功成名就、位极人臣。但当时海上若有毛文龙在，这批人没一个敢动的，在毛文龙眼里，这些人通通都是他儿子（毛部将领都改姓毛了嘛！），这些人也确实都视毛文龙为父，绝对不敢违命的。我说过，我不会去苛责袁崇焕，但在客观上，毛文龙之死是导致三汉王归顺后金的直接原因。若毛文龙是好死的，他会安排好一切后事，日后他的儿子毛承禄很可能会顺利接手这支部队。但毛文龙死前什么话都没留下，那这些人就谁都不服谁，相互掐，内讧的结果就是矛盾越来越升级，必定会有人把持不住去投靠后金的，也就是说，只要毛文龙被斩，有人投靠后金就是必然的，区别在于人多、人少。当然要说他们是三大“汉奸”也可以，你想骂两句也没什么，只是我说过，这种道德审判是不解决问题的，不是每个人都是宁死不降的。
当然，皮岛势力的作用还是比较有限的。况且以皇太极之才干，攻克皮岛是早晚的事情，只是，毛文龙若在，他会走很多弯路，付出更大的代价和更多的时间。
三汉王归降所造成的又一个后果就是加速了汉军八旗的建立。天聪五年，后金铸成红衣大炮，七年，孔、耿、尚投降后金，建立强大的海军已被提上了议事日程，后金势力不断扩大，明清战争不断升级，这些情况都说明单一的满洲骑兵已经越来越不能够适应多层次、立体式的战争结构。尤其是汉人在科技上的先进和对关内情况的了解，更为满洲统治者所倚重，当年，皇太极就着手建立汉八旗。
在时间上，汉军八旗的建立要晚于蒙古八旗，因为民族信任感的问题。当时的情况是满、蒙视对方为一家，汉、朝视对方为一家，双方视对方为敌人，汉、朝更有文化，民族优越感也更强烈，其中又以汉人为最，满、蒙比较自卑，尤其是满人，蒙古人还能谈几句佛经，满人什么都不懂。所以满人最不信任的就是汉人，皇太极组建汉八旗的压力也更大，其过程也更为曲折，直到皇太极死前一年，汉军的八旗才全部组建完毕，蒙古八旗的建立则方便许多，早在努尔哈赤时代，蒙古人就为他所倚重。实际上有清一代，满洲优先和联蒙制汉一直都是其根本国策。但不管怎么样，蒙古八旗和汉军八旗都建立起来了。
关于满、蒙、汉八旗，有两个问题需要解释：
第一，蒙古八旗和蒙古盟军的区别。这个问题还是比较好理解的，蒙古八旗是指后金内部蒙古族的子民所组成的，是后金统治者的直属部队；而蒙古军队则是生活在蒙古草原上的部落，以盟誓的方式宣誓效忠后金，保留了比较多的自主权，统领该军的也是各部落的贝勒。说形象点，蒙八旗的官兵在后金是有户口本的，而非暂住证，蒙古盟军则是在后金出征时临时帮忙的外藩部队。
第二，三族军队，其相互的隶属关系如何。一般认为，满八旗、蒙八旗、汉八旗，各成系统，各有旗主，只是蒙、汉八旗的旗主是流官而非世袭，但名义上地位相等，只是在实际上满洲旗主的地位更高，握有全国军政的最大话语权，因此，清朝共有满、蒙、汉二十四旗，皇太极则亲领两个满洲黄旗，同时也是其余二十二旗的共主。这种看法是错误的。
我在说八旗制度的时候说过，一旗并不等于一固山，旗是某个单位为了区别其他单位所用的颜色，而固山—甲喇—牛录这种组织形式更说明一种制度，但之前一个固山就是用一种旗色的，好像也看不出什么区别，所以我也混用了。但现在的情况发生了变化。
原来一旗当中也有蒙古人和汉人，只是以牛录，最多以甲喇为单位存在于各固山之中，但是随着投降的人数越来越多，蒙、汉独立出来成军就相当有必要了。但绝非是独立成为一旗，而是成立固山。换一句话说，一旗之内原来的统治方式是旗主——一个固山额真，这个固山额真是满人，统领满、蒙、汉三族，现在蒙、汉独立成固山，也就是一旗由三个固山组成，满洲一个固山、蒙古一个固山、汉军一个固山，一位旗主统领三位固山额真。蒙古固山额真由满人或蒙古人担任，汉军固山额真由汉人担任，但仍在同一旗内，只是原来全部由满人管辖，现在下放了更大的权力，由蒙、汉自己统领一个固山。也就是说，并非将八旗分为二十四旗，而是将八个固山分为二十四个固山，旗数仍然是八个。
以镶白旗为例，旗主是多尔衮，原来镶白旗只有一个固山，当然也就只有一个固山额真，蒙、汉分散于各牛录中，担任甲喇额真或牛录额真。现在成立蒙、汉八旗。如果按照错误的认识方法，蒙古镶白旗和汉军镶白旗都另有旗主，在级别上跟多尔衮是一样的，其直属上司就是皇太极，只是多尔衮握有的是满洲镶白旗，其地位更高，在后金国的发言权也更大。不是这样。只是在镶白旗中分为满、蒙、汉三个固山，也就是说，只要是镶白旗的人，不论是满洲镶白旗，还是蒙古、汉军镶白旗，他们都有各自的固山额真，但却共有一位旗主。多尔衮既是满洲镶白旗的旗主，也是蒙古、汉军镶白旗的旗主。
其实，这种称其为蒙古八旗和汉军八旗的说法本身就是不严谨的，应该称蒙古固山和汉军固山才更恰当。如前文所述，八旗制度是满人的根本制度，入主辽东以后，也是后金的根本制度，他们绝不会破坏八旗制度中“八家共分”等根本原则的。
经过几年的训练和发展，清朝于崇德二年（崇祯十年，1637年）二月正式发动了粉碎明朝海上防线的战争，目标直指其大本营——皮岛。此时的胜负已经毫无悬念，朝鲜、蒙古早已彻底臣服，战船的数量和质量也足以攻克皮岛，这场战役的主力又是打海战出身的三汉王，朝鲜虽不情愿，但也只能前来助战，日后阿济格又率兵来前线支援。四月，岛克。至此，明朝在海上构建的防线体系被打得稀烂，清朝完全解除了来自后方的一个较为重要的威胁。