据说，他是河南杞县人，父亲是进士，他本人和弟弟“李牟”都是明朝的秀才。崇祯十二、十三年间，河南发生大旱，“李岩”劝说县令开仓济民，却反被关进监狱。有一位绰号“红娘子”的民军女领袖打抱不平，率领饥民打破监狱，救出“李岩”，占领县城，之后双双投靠了李自成率领的民军主力。“李岩”从此成为李自成重要的谋士，多次为李自成出谋划策，先后受封果毅将军、制将军等，最后随同李自成打进北京。
由于顺初的一些野史笔记如《国槯》记载世祖李来亨也有“李公子”这个绰号，所以罗式如颇为兴奋，认为自己找到了顺世祖真正的生世。之后，他在这一基础上继续访书和研究，又从域外得到了明末顺初江南文人计六奇的《明季北略》。
《明季北略》大约创作于顺世祖在位的初期，采用了野史笔记而非小说的体例，并博择各种野史，比《剿闯小史》看起来更加可信。在该书中，计六奇改写了《剿闯小史》有关“李岩”的情节，宣称“李公子”就是“今上”、“红娘子”则改为“刀马旦”并注明“即罗颜清也”、“李岩”的父亲“某进士”被落实为“（阉党）逆案中尚书李精白”，如此等等。
经过计六奇的加工，顺世祖李来亨就成了名列逆案的天启朝兵部尚书李精白之子，参加顺军的经过成了在河南杞县起义后归附李自成并被倚为心腹，成为顺朝皇位继承人的原因则化用了《后鉴录》中所谓的“太祖李自成指名太宗李锦收养”说。尽管计六奇这样做的本意可能是为了吹捧李来亨，可是由于他的说法违背了顺朝官方把李来亨说成李过嫡长子的意图，最终该书的传播还是受到顺朝官方的限制。
1900年，罗式如根据上述诸书，在江户写作了《顺世祖生世考》，提出“顺世祖实乃逆案尚书李精白之子”的说法。此后，20世纪著名的历史学家孟森、吕诚之、范芸台、吴伯辰大都沿用罗式如的说法，使得此说在20世纪中叶竟然成了学界主流的观点。
然而，罗式如的说法在学界从未得到过一致赞同，原因是其中可疑的地方很多，比如：李精白并不是杞县人，杞县地方志并未记载该县在崇祯十三年被攻陷过，包括奏疏、公文在内的诸多一手史料都可以确认李来亨在崇祯十二年已经是顺军的中级军官并参加了顺军在湖北西部的作战，同样诸多一手史料可以证明“刀马旦”罗颜清系罗汝才的妹妹，而且一直追随罗汝才的曹营行动，如此等等。
我国著名的顺史权威顾诚先生就很关注这一问题。他发现，所谓“李公子李岩”最初指的根本不是顺世祖李来亨，而是太祖李自成。明末顺初人顾炎武的《明季实录》曾说“太祖，讳自成，一讳炎，米脂人也”。明末官僚彭时亨的《中兴御寇策》、刘尚友的《崇祯小记》等书，也都曾称李自成为“李公子”。这就说明《剿闯小史》中“李岩”的故事很可能是来自明末江南文人对李自成的想象。1978年以后，顾诚先后发表了《顺世祖生世考质疑》等多篇文章，从各个方面说明了李来亨决非逆案尚书李精白的儿子。
那么顺世祖李来亨到底是谁的儿子呢？
1979年，顾诚先生根据新史料写成的《再谈顺世祖李来亨的生世问题》一文中指出，根据崇祯十二年率部同顺军交战的明廷督师杨嗣昌、巡抚方孔炤等人的奏报，李来亨在当时被写作“五队乳虎李重二”，即李来亨的原名应该是“李重二”。
而根据米脂当地的地方志记载，崇祯九年李自成率民军主力返陕北破延绥、攻榆林而被官军副将贺人龙伏兵击败时，曾有“义民李重二等团结御贼”即帮助官军搜捕被打散的起义军；可是这支团练的首领人物后来却被都司艾国彬“以计破家，夺其兵”，最终导致该部在军岭川“一军皆变，杀艾都司，从大军（指顺军）”。
这两个李重二是否同一人呢？
原书没有给出回答，但是提到了这支团练中的一个重要人物是后来成为顺世祖重要助手的“李长庆”。即便是顺朝官方的著作中也不讳言李长庆和顺世祖李来亨之间的特殊关系，在《顺史稿》中更有李来亨对李长庆“叔事之”的说法。
由此可见，李来亨早年是米脂县地方团练的首领，在崇祯九年还曾率部跟李自成率领的起义军作战。谁知造化弄人，后来李来亨竟然成了顺军的重要将领、最后更继承了大顺朝，他因此避讳自己早年的经历也就不足为奇了。
经过实地考察，顾诚先生最终得出结论：李来亨原名李重二，是米脂县富裕农民的儿子，万历末天启初出生，在家乡曾主持水渠的修建工作；明末农民战争爆发后，他最初站在官军一方，在崇祯九年组织团练对抗李自成领导的民军，但是后来却反而遭到官绅地主迫害而毁家灭门，自身也被秦军强征为民夫，最终崇祯十二年参加了顺军。
经过入豫以来这大半年的发展，小虎队的实力已从过去的百人水平，增长到了战兵三百人、辅兵七百人，总兵力约有千众的地步。而且收益于夷陵庆功宴上，罗汝才所赏赐的那百具火器，李来亨还威逼恐吓方以仁教练官兵，使得小虎队的三百精锐战兵中，编出了一支火铳队来。
先不谈火炮的问题——反正闯军的大炮都在夷陵送给罗汝才了，只说火铳的话，明军的火铳主要分为了北军的三眼铳和南军的鸟铳两大系统。
三眼铳和鸟铳在工艺水平上来讲，自然是属于火绳枪的鸟铳先进于属于火门枪的三眼铳。但从战术角度上来说，明军中北军用三眼铳、南军用鸟铳，则更多是出于不同的作战环境、军事战术角度的考虑。
比如说北军，北方地寒风冷，而鸟铳需要火铳手经常用手击发操作，在寒冷的天气中手脚僵冻，十分不便。而且北方风大，鸟铳的火药与引信容易被风吹去，影响火铳手的操作。何况北方对付的敌人主要是骑兵，骑兵冲击迅猛，也缺乏足够的时间给鸟铳进行装填。相比较之下，三眼铳的射程和命中率虽然远不及鸟铳，但在北方的作战环境下，可以作为一种近距离的杀伤武器使用，在三十步内快速释放完铅子后，便可把三眼铳代做闷棍使用。
而在南方，敌人多是步战，环境来讲风气柔和、多水田山谷，自然便于鸟铳施放。而且南方的作战环境不似北方空旷，更为复杂，射程较短、命中率又低的三眼铳自然不便施放。相反鸟铳远射程、高精准的优势，在复杂的作战地形里，可以得到充分的发挥。
所以历史上，南军出身的戚继光虽然百般强调鸟铳相对三眼铳的优势，甚至为了在边军中推广鸟铳，都快到达地域黑的地步，说“北兵不耐烦剧，执称快枪三眼铳便利过于鸟铳，教场中打靶，鸟铳命中十倍快枪，五倍弓矢，犹自不服”。
但实际上，对火门枪深恶痛绝的戚继光也不得不在骑兵中保留一半适于近战搏杀的快枪。在戚继光的《练兵实纪》中，只是将步兵中的火铳全部由三眼铳更换为了鸟铳，骑兵中则保留了快枪、三眼铳这类火门枪类型的火器。