鄱阳湖战役并没有摧毁陈友谅的主力。但是卫明军损失惨重，而水木军乘机封锁了通向扬子江的湖口。在又僵持了一个月后，八月二十六日，陈友谅下令全力突围，夺取通向扬子江的水道，撤回武昌。他几乎取得了成功，但在最后关头为俞莲舟用箭所射杀。周芷若带着她和陈友谅的幼子陈理杀出重围，逃回了武昌，在那里她让陈理继位称帝，而自己成为了摄政太后。但是她的统治只维持了半年。在鄱阳湖之战胜利结束的两个星期之后，朱元璋又把他的水军开向上游，这一次是开向武昌。他围困武昌两个月而迄无成效，于是返回南京，把兵权交给常遇春。这是系统地征服汉政权从前领土的开端。
《英雄的国父传奇》中记载了在鄱阳湖战后不久一位道教神灵和朱元璋的相见，这可能是以隐讳的形式记载了张三丰和朱元璋的第二次会面。张三丰现在支持朱元璋向更宏大的政治目标迈进。1364年中国历新年，朱元璋称“吴王（theprinceofwu）”，并建立了相对全面的统治机构，向未来的明帝国又迈进了一步。两个月后，朱元璋再次率水木军亲征武昌，卫明军全军覆没。周芷若自杀，陈理在大臣的簇拥下投降。长江中游的大片领土被并入他的权力基地，使得朱元璋控制的人口约两倍于任何其他对手所控制的人口。仅仅是这种数量上的优势而不是质量上的优势，就是朱元璋以后赢得一系列胜利的主要因素，它终于像滚雪球那样使他最后征服了全中国。
在1365年到1367年之间，“吴王”朱元璋投身于对另一位“吴王”张士诚的战争中。张士诚本可以在1360-1364年的“水木-卫明”战争中同陈友谅联合起来对朱元璋前后夹击。但他抱着让明教徒们两败俱伤的意图而袖手旁观，现在他必须为此付出代价。比以前强大一倍以上的朱元璋已经对他具有了绝对优势。朱元璋派遣徐达、常遇春进攻张士诚在扬子江北的控制区，另一方面派殷野王率天鹰旗进攻浙西，最后两军南北夹击，合围苏州。虽然张士诚已经注定失败，但是朱元璋在这场战争中仍然遭到了猛烈的抵抗。抵抗主要来自江南士绅对明教红色恐怖的厌恶。在天鹰教肆虐的时代，他们曾经饱受蹂躏。虽然朱元璋已经竭力向儒家传统靠拢，但在江南上层阶级眼中，他仍然是不折不扣的异教徒。而张士诚已经受到帝国的招安，反而成为正统的象征。对苏州的围攻维持了十个月之久，殷野王也战死在苏州。最后，常遇春的军队打开了苏州城门。随后苏州遭到了残酷的屠杀。战后，朱元璋命令将城中富户迁徙到北面的荒凉地带，并对整个地区课以重税。在这次战役中，朱元璋显示了他暴戾的性格。在以后的三十多年中，整个中国将反复感受到这一点。
在扫清了南方的几个强敌后，剩下的几个野心家已经无力和朱元璋对抗。朱元璋现在将目光投向更为重要的北方。应该注意到，在中国历史上从来没有过一次南方征服北方的先例。诚然，朱元璋所号称的“吴国”，其前身曾在公元前5世纪初短暂地取得过中原的霸权地位，但其覆灭也同样迅速。对于汗八里的统治者来说，刘福通北伐的失败，不啻于再一次证明了北方的决定性优势。因此，朱元璋在长江流域和陈友谅及张士诚的战争，更多地被他们视为南方叛乱者内讧和覆灭的前兆，而非一个新帝国的兴起。但是如果不是帝国政府本身在北方的分裂和内乱，他们本可以更好地利用这个机会对南方的叛乱者们加以打击。
在察罕死后，他的儿子扩廓帖木儿继承了他的爵位，官职和军队——以及汗八里政府空穴来风的猜疑。如果说朱元璋是张无忌的政治继承者，那么扩廓也接收了汝阳王府的武术家集团——这一集团的前身是三十年前札牙笃汗的御用军团。金刚门的僧侣，西藏的武术喇嘛，以及其余向蒙古政府效忠的武术家们，现在成为扩廓的王牌。在成为他的第一个成就就是派包克图擒拿了刺杀他父亲的田丰等人，挖出了他们的心肝祭奠察罕。这给朱元璋带来了旷日持久的噩梦。为了预防扩廓可能的暗杀，他有段时间每天都和周颠睡在一张床上。
扩廓向乌哈噶图汗保证在五年之内平定全国的局势，赢得了这位末代皇帝的信任。依赖这支特种部队他很快击溃了山西的勃罗帖木儿，后者虽然也是资深的军阀，但很快发现这位新崛起的年轻人不可小视。在进攻冀宁的战役中，他被扩廓击败而难以南下。勃罗没有再在河南和扩廓对峙，而在1365年七月出其不意地直接翻越太行山，从居庸关进犯汗八里，史称“乙巳之变”。扩廓闻讯后立即率军追击，并命令部将白锁住率军三万主持汗八里防务，另外分兵四万进攻大同。但勃罗帖木儿并未被挡住，终于攻入北京，随后挟持了帝国政府，任命他本人为右丞相。当扩廓率军赶到北京城下时，皇帝已经在勃罗的左右下下诏命令他们和解。扩廓并未从命，而是打出了他的王牌，让金刚门的秘密武术家们刺杀了勃罗。随后带着他的喇嘛们进入了北京。
“乙巳之变”让乌哈噶图汗对扩廓失去了信任。皇太子爱猷识里答腊——亦即未来的必里克图汗（昭宗）——秘密联络扩廓拥立自己，尽管被扩廓所拒绝。但是乌哈噶图汗仍然怀疑扩廓在图谋不轨，他要求扩廓立即离开北京，南下去进攻明教徒。扩廓服从了，回到了河南的属地。在那里他看到明教已经强大到不可能通过一两次战役就剿灭的地步，因此私下同朱元璋议和，并赈济河南的灾民以防止他们投入明教的怀抱。他提出了一个以议和争取时间，然后东西并进，摧毁叛乱者的战略，而这必然要求全国所有的军队都归属他的指挥。为此他擒杀了貊高、关保等跋扈的地方军阀，同时要求李思齐，张良弼等将领对他服从。这在乌哈噶图汗眼中无不成为了扩廓谋叛的证据。他在1368年下诏褫夺了扩廓的一切官职爵位，并命令所有忠于帝国的军队一起进攻扩廓帖木儿。其罪名是“以扩廓帖木儿付托不效，专恃欺隐，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，以赈米则资盗，以谋款则斩帅，种种罪恶，非磔示无以惩之”。具有讽刺性的是，正当这道诏书通传全国时，使得扩廓成为蒙古人所唾骂的卖国贼时。朱元璋已经在当年一月称帝，并且开始了大张旗鼓的北伐。扩廓在南北夹击下无力做出任何有效的抵挡，只能坐视朱元璋的军队自南而北，一路势如破竹地占领山东，河南和河北，最后攻入汗八里。乌哈噶图汗在汗八里沦陷前，又紧急恢复了扩廓的官爵和权力，然而一切已经太迟了。
张士诚的覆灭和元帝国持久的内乱为朱元璋宣布恢复古老的中华帝国扫除了最后的几个障碍。朱元璋在1368年中国历新年登基，宣布自己是中国皇帝。他并没有按照历史上的惯例，将他的帝国命名为“吴”，而不无突兀地使用了“大明”的国号。直到这个帝国在近三个世纪后覆灭，人们都以大明称呼这一阶段的中华帝国。就此而言，明教在中国历史上留下了不可磨灭的痕迹。这是自摩尼教创始以来最大的辉煌，但也是最后的余晖。在整个六十年代，朱元璋在一群知识分子的协助下，一直不遗余力地将他控制下的明教组织改组为正统的儒家政府，并将其中的异端色彩降低到最低程度。为此，他甚至放弃了对教主之位的要求。