七位年轻人在“鬼蒿林”中失散。周远和张塞还有丁珊去到“琴韵小筑”岛上一个叫“格致庄”的村庄里借宿。周远在燕子坞学习的时候，就时常在钻研一些武学问题的时候头脑里出现奇怪的幻象，就好像突然闯进别人凌乱的梦境里一样。自打他来到“格致庄”附近以后，这种幻象出现得越来越频繁。他后来才知道，“格致庄”正是他父亲出生、也是他的父母相遇的地方。
在他们借宿的小屋的阁楼上，周远无意中发现了许多关于算学，格致和武学的书籍手稿，其中的一些公式和周远在幻象里看到的非常相似。他研读了一夜后沉沉睡去，第二天早晨，在照射进阁楼的阳光和空气中微尘的启发下，周远的头脑里迸发出了武林史学上最瑰丽华美的创造力。凭借着扎实的算学功底，他演绎出一套对自然力，内力和武学全新的解释，颠覆了统治武学界一千多年的“黄裳——张三丰”体系。
黄裳和张三丰将内力描述成一种像风一样连续流动的物质，这种理解不仅很符合常人对内力形态的想象，也非常实用，以此为前提建立起来的学说可以涵盖整个武林目前所见到过的几乎所有武学现象。而周远却大胆地假设，内力虽然很多时候表现得像流动的风，但实质上这股宏观上的“风”在微观上却是由无数极其细小的“微粒”所组成。这些微粒就像阳光下看到的尘埃那样无时不刻朝着各个方向随机地运动着，这种运动是自然力和内力真正的源泉。
周远将自己假说中这种含有最小单位自然力的微粒称为“量子”，把由此建立起来的武学体系称为量子武学。
在量子武学的新框架下，“丹田通径”不再成为习练内力的瓶颈。原本是“先天不足”的周远如今不仅可以激发出强大的量子内力，也逐步领悟了在张三丰体系下无法被解释的“降龙掌法”。
可是周远没有想到的是，根据《慕容家书》的预言，在格致庄创立量子武学的人，将命中注定成为魔教的转生教主，同时也是魔教的最后一任教主。他将在“鬼蒿林”里获得《慕容家书》的最后一册，并最终完成延续了一千多年的预言赋予他的使命。而他头脑中的那些幻像，正仿佛像是自然力中飘荡着的跨越时空的某些特别深刻的执念，在冥冥之中将他引往特定的方向。
但周远拒绝接受这样的预言，他并不相信一个人的命运会在一千多年之前就被注定，然而无奈的是，有许多人却对这个预言深信不疑。种种误会让周远成为了“格致庄”村民的仇敌，同时他和丁珊为了寻找燕子坞、峨嵋师生所中剧毒的解药成分而去到了“鬼蒿林”中另一个叫“听香水榭”的岛屿上。在那里，周远发现和他共同战胜了许多困难一路走来的丁珊竟然就是天下闻名的峨嵋天才少女王素。
王素在峨嵋校长柳依仙子一厢情愿的安排下已经和当朝最热门的皇位继承人六皇子订婚。这被许多武林人士看作是至关重要的大事。尽管《华山备忘录》已经极大地提高了武林的地位，但是朝廷和民间对备忘录始终存有不少反对的声音。而皇位继承人和江湖第一美女的联姻对巩固武林的地位将具有决定性的意义。当然，意料之中的是，朝野上下许多隐蔽的势力正不惜一切代价想要阻止这一幕成为现实。
周远和王素在“鬼蒿林”里经历了一系列的奇遇，这一对少年男女之间也渐渐产生了情愫。他们同时还揭开了二十一年前发生在鬼蒿林中的许多事情的真相。他们发现，“安护镖局”所使用的大规模空气传播毒药竟然是当年朝廷药督府所研发，用来彻底消灭藏匿在“鬼蒿林”中的魔教余孽。因为药性的变异，中毒的人会在三个时辰以后丧失理智，变成充满侵略性的“毒人”。所以如果不能及时制成解药的话，少林、武当和燕子坞的结局会不堪设想。
周远和王素在找寻解药时遭到毒人的围攻，坠落山崖，但是和所有书里的主人公一样，他们幸免于难。凭着王素的聪颖，他们找到了山崖底下的一条通道，走入了崖壁内的一连串石室中。他们在那里分别沐浴，并换上从一个旧箱子里翻出来的两套衣物。
他们在魔教的村落里解救了其余的同伴，但是魔教的镇教长老应繁锦却认出周远是转生教主并将他带走。周远从镇教长老那里获得了许多关于魔教历史的知识，也隐隐猜到两册《慕容家书》在魔教倾覆以后落入了燕子坞校长慕容迟的手中，而这正是“安护镖局”劫持燕子坞的真正目的。
周远仍然不愿意接受自己魔教转生教主的身份，并在“玄机谷”中巧妙地摆脱了想要攫取《慕容家书》最后一册的应长老。他重新遇到了王素，两人又在魔教的山崖里经历了一番错综复杂的事件后终于和其余同学重新汇合。
依靠燕子坞历史研究所黄毓教授的自我牺牲，他们最终制成了解药，并跟随着“鬼蒿林”中罕见的阳光的指引返回了燕子坞。周远正确地解读了杨冰川教授的提示，帮助他解开了“参合堂”中的人质危局，并及时送达了解药。凭借着量子内力和“降龙掌法”的威力，周远和燕子坞师生一起制伏了大部分“安护镖局”的镖师。
就在大家以为获得了胜利的时候，驻扎在姑苏城郊外斜塘的军队江武营以围剿“安护镖局”的名义包围了燕子坞，企图夺取《慕容家书》，同时还要追究周远魔教转生教主的身份。魔教的施教长老骆一川及时赶到救走了周远，并说服了他去从慕容校长手中抢夺《慕容家书》以免家书落入江武营或者“安护镖局”的手中。
周远和骆长老、应长老一起冲破江武营的包围进入了曼陀山庄上的“琅嬛玉洞”图书馆，和慕容校长展开了激战。慕容校长最终杀死了两个魔教长老，与此同时，姑苏巡捕、太湖巡查和斜塘军队相继赶到燕子坞，他们终止了江武营的行动并捕获了“安护镖局”所有余党。一切看似将以正义一方的大获全胜而告终，可是谁都没有想到，一个跨越了二十九年的匪夷所思的大阴谋却已经在“琅嬛玉洞”里展开。
原来在《慕容家书》里，慕容公子不仅写了许多天文地理，医药格致方面的感悟，也探讨了有关物质、意识、生命、死亡等形而上的话题，他还尝试性地提出了一种将一个人的记忆移植到别人身上的方法。
《慕容家书》第二、三册在十几代魔教教主的手中流传了一千多年，但他们大都只把注意力集中在书里详细讲述的一种叫做“相对武学”的高明武功上。只有李天道意识到了记忆移植的非凡意义。他认为这就是无数帝王将相、有权有势的人寻求了几千年的关于“永生”问题的答案。李天道认为，一个人的所谓灵魂，实际上就是这个人的人格，他的经历和他拥有的知识的集合。如果能够把这三者不断移植到别的躯体上面，那么从技术上讲，这个人就可以永远地活下去。
李天道通过大量的实验找到了移植记忆的方法，但是他发现，将移植的记忆在客体身上唤醒，并取代客体的记忆，需要一种特殊的自然力的联系。
但是那时候李天道已经没有时间继续研究，因为朝廷和武校即将攻陷青冈梁。李天道被迫匆忙将自己的人格记忆、经历记忆和知识记忆都移植到了年轻的慕容迟身上。他之所以敢于这样做的原因，是因为他知道二十九年后转生的新一代教主必定和自己有着自然力的联系，只要让转生教主到那时用内力击打慕容迟，就可以将自己的记忆唤醒。李天道于是让忠心耿耿的骆长老在“鬼蒿林”里蛰伏二十九年，帮助他完成这个计划。
周远在骆长老的诱使下最终朝慕容校长打出了“亢龙有悔”，唤醒了他身上李天道的记忆。李天道实现了自身记忆的接续，心狠手辣的他醒来后所做的第一件事就是杀死没有了利用价值的骆长老。