无奈之下，胡汉良只能强调构筑坚固而隐蔽的发射阵地来弥补战场机动能力和武器威力的不足，务必做到一击必中，否则就凶多吉少。因此他仔细勘察了部队驻守的地区，针对共军可能发动的主攻方向精心计划了预伏阵地，并构想由步兵反坦克武器在正面阻击和牵制敌军，而由配置在浅纵深的95旅利用其重型战车进行两翼包抄和反击。即使如此，他也很不乐观，如何对付到时候如潮水般涌上岸的共军战车和大批飞机，让胡汉良大伤脑筋。真正能死保防线的，只有95装甲旅，虽然重达近60吨的M1A2主战车战力犀利，但在台南水泽地区机动有限，身宽体胖的M60和“勇虎”也好不了那去，在这里的机动性甚至还比不上老掉牙的 M41。这些重型车辆只能防御和冲击有限的战线，而且还要确保己方空军能够压制住越来越凶猛的共军攻击机群，听说美国已经派遣战机进行空中支援，“上头” 也有美国正在进行动员，准备参战的说法。但胡汉良丝毫不敢抱有什么幻想，就算美国大举来援，姑且不说时间，就凭大陆方发狠反击，最倒霉的还是台湾，弄不好大家都完蛋，美国倒是跑得溜快，这从601旅败退澎湖时跑得飞快的美军顾问身上就可见一斑。

除了一线的步兵333师，机械化109师，装甲86旅和一些守备部队以外，台湾南部就只有空降71旅的区区2600人作为机动预备队，胡汉良兵团作为二线在距高雄和矽止前线55公里的外围展开，总部判断这一线将是登陆攻击的重点，如果共军再在南部登陆成功，那么南北呼应的局面便随之形成，台湾投降将只是时间问题。

北部台军和共军在林口浴血奋战，战斗呈残酷的胶着状态，共军建立了坚固的桥头堡，台军将其团团围住，却又因兵力兵器不足无法将其赶下海去，随着被占港口运力的恢复，共军势必会大举登岸，鬼知道那个包围圈有没有被撑破的一天。如果再在台军包围圈外来一个登陆，北部防卫力量就会被包饺子，这也是驻守台中的部队迟迟不敢驰援北部的重要原因，短时间的僵局并不说明台湾能够将共军赶下海去。至于台湾后方---唉，严格说来，已经没有后方了，台湾缺乏战略纵深，一旦开战，那有什么后方---尽管陈水扁信誓旦旦地说台湾会血战到底，但傻瓜都知道，解放军登上台湾几乎已经胜利了一半，就这一点就足以催垮民众的信心了。台湾各大城市已经被大陆飞弹打怕了，电、水、通讯、交通等经常中断，伤亡时有增加，加上四下流串的共军特战小组的骚扰和破坏，全台湾人心惶惶，草木皆兵，各种流言漫天飞，尤其是共军全歼“基德”编队的消息传开后，民心已近崩溃的边缘。在胡汉良潜意识里，他就想尽力拼一拼，拼死拉倒，拼不死算走运，作为军人，说到底是耻于打内战的，历史会怎样记下台湾的疯狂呢？不管怎么样，能快点结束这一场战争就好。

澎湖在马公港刚刚有所恢复便成为一个巨大的军营和军火仓库，大陆开始动用大型滚装船运送人员和物资登陆澎湖。除防守的31军85师以外，还有即将担任主攻任务的第2陆战旅、54军、31军和空降15军各一部共计近6万人。这还不算防空和海军舰艇部队，而且新的人员还在源源不断地开来。在北部集群受阻后，解放军将重点逐渐转到南部。岛上到处都是解放军军人，各条公路奔驰着各种军车，作战物资堆积如山。由于澎湖力台湾岛很近（最近处仅40公里），小型登陆舰艇也能派上用场，因此在澎湖外海和各适宜港湾，集结了大批登陆船舶，让台南守军心惊肉跳。两岸海空军在澎湖周围时常发生激战，在“基德”编队被全歼后，澎湖已经成为一个坚固的堡垒，台军海军和空军在这里再也无力与解放军拼消耗了。南部集群总指挥贺南宏满意地察觉到，发动致命一击的时机已经到来。

台军在靠西部沿海凡是适宜登陆的地点都苦心经营了大量抗登陆障碍，这些障碍分为水中障碍带、水际障碍带和滩头障碍带三道障碍带进行配置，水中中障碍带由基本雷区、前沿雷区和沿岸雷区构成，设置在低潮线以外8-15海里，其主要障碍物是水雷，并混合设置有浮游栏障和沉船等障碍，用于破坏和阻止大型登陆舰以及中、小型登陆工具的换乘登陆。水际障碍带设置在低潮线和高丨潮丨线之间，一般由2-4道障碍物组成，在重要地段设置了6-8道障碍。水际障碍带所使用的障碍物主要是轨道砦、钢栅、铁钉桩、抗登陆水雷等，障碍区的纵深和配置根据地形和潮差而定。该障碍带主要用于阻滞、破坏对方登陆用具，割裂其战斗队型。滩头障碍带设置在高丨潮丨线和前沿阵地之间，由多道多列不同的障碍物组成，主要障碍物是防坦克地雷、防步兵地雷等爆炸性障碍物和混凝土三角桩、三角锥、防坦克壕、阻绝壕、铁丝网、火障等非爆炸性障碍物，该障碍带主要用于杀伤登陆兵并阻滞、破坏登陆装备上陆。此外，台军在一线阵地前沿也设置了一道障碍带，用于阻止对方抢滩登陆和建立登陆场。这些障碍纵深从水中到阵地前沿可达25—30公里，而且各道障碍带的纵深也非常大，水中障碍带纵深可达20—30公里，滩头的可达200—400米，最大可达800米，同时这些障碍带是和一定的火力体系相配合组成防御体系的，尤其是靠前布置的炮兵，在抗登陆作战时，各守备旅所属或临时配备的炮兵营，除少量在浅近纵深区域外，多数进入一线阵地，在整个岸滩进行远、中、近多层拦截射击。当解放军登陆船抵达换乘区时（照台军设想，距岸8-12海里），用M110A2、T-65、T-69等203毫米、155毫米大炮以及“工蜂”火箭炮、90高炮（平射）等为主，协调海空火力实施远程拦阻，当解放军换乘登陆艇编队向岸滩实施冲击时，炮兵则集中火力拦阻冲击的舟艇，此时主要是以105毫米榴弹炮、76毫米加农炮、迫击炮，在空军和远程炮火掩护下实施中程拦阻，当解放军冲至距滩头1000-2500米时，则集中一线海岸部队各种迫击炮、无后坐力炮实施近程拦阻，当解放军进行抢滩时，一线海防部队所有火器全部投入使用，发挥最大射击速度，力求在水际滩头大量杀伤登陆共军，在距海岸200米以内形成阵前火墙，“坚决歼敌于水际滩头”。其实这种配置和二战时期德军的大西洋壁垒如出一辙，但对缺乏垂直登陆能力的解放军还是有相当威胁的，在北部登陆时，尽管火力准备猛烈，摧毁了很多障碍，但解放军在滩头伤亡不小，一度影响了登陆场的建立，幸亏飞燕部队出乎意料的奇袭登陆，在八重至观音山一线血战得手，将台军防线硬生生撕开一道缺口，同时北部集群不调动大批直升机助战，在“飞燕”部队夺取的登陆场机降了近1个团的兵力和装备，配合早先空降的伞兵一起拼死战斗，打乱了台军的部署，才终于彻底站稳了脚跟，避免了出现盟军奥马哈海滩那样的死亡悲剧。即使如此，“飞燕”部队和伞兵也付出了极为惨重的代价----开战仅仅40个小时，所有的重型装备损失殆尽，2600多名精锐的解放军官兵伤亡，“飞燕”8个作战营有5个几乎彻底丧失战斗力。

由于陆航运输机群主力移师北部，造成南部集群严重缺乏垂直登陆能力（在登陆澎湖时只能勉强保证运送1个加强连及其装备），这也是贺南宏难下决心的原因之一。直到5月13日，3艘“鹞”式大型地效飞行器抵达澎湖，贺南宏才放下心来，心里也算有了底。在北部登陆突袭时，第一波登陆突击队乘坐的就是这些被战士们称为“飞艇”的大型地效飞行器和大型气垫船，发挥了出奇不意的好效果，气垫船远在台军料想的30海里外换乘成功，然后高速运送陆战队登上滩头，几乎使台军岸防火力来不及发挥其优势，而以大型的“鹞”、“里海怪物”和国产小型“信天翁”地效飞行器共28艘组成的快速运输队更是从东山岛直接出发，高速隐蔽突破台军岸防，直接将重型装备和兵员送上滩头，尤其是在平移登陆点时，地效飞行器超强的适应性和高速性发挥得淋漓尽致，其中1艘“里海怪物”甚至大胆进入台军纵深，为苦战的伞兵送去了支援兵力和急需的反坦克弹药，又将伤员运出来，其效用远远超过了重型运输直升机，地效飞行器的出色表现不仅减少了大量伤亡，更是让台军防不胜防，不敢分兵围歼登陆部队，各国军队由此不惜重金大力发展地效飞行器，使之成为新的登陆工具，淘汰呆笨的登陆舰，当然这是后话了。

为摧毁台军沿海防御阵地和障碍带，解放军在澎湖集结了中国军队战史上最为密集的火箭炮战斗群，计有2个装备WS-1B、A100、WM-80等重型火箭炮的独立炮兵旅，构筑了10多处发射阵地，火箭炮口径从273毫米到300毫米一应俱全，加上少量战术导弹，构成200公里—40公里的严密火力覆盖网，4天来，解放军的火箭炮没日没夜地咆哮，澎湖东部始终是一片通红，火箭弹消耗量极大，专门有一支船队负责运输火箭弹，以至于大家都叫这支船队叫“火箭船队”。配合这支炮兵部队的是一支无人侦察机部队，始终保持6架无人机在轰击目标上盘旋，为其校正目标和评估效果。对某些坚固的地下工事则指导游弋在海上的装备C701导弹的火力船或则陆航团的直升机发射导弹予以摧毁，再难的就交给空军攻击机群，无人机虽然被台军击落多架，但没有严重影响炮击指挥，因此南部登陆的火力准备比北部还要充分。在两岸的炮兵较量中，与参加过老山炮战，拥有丰富实战经验的的解放军炮兵相比，台军炮兵又一次落了下风，其“工蜂”火箭炮和大陆A100，WS-1B等根本就不是一个档次，惟有“雷霆2000”凑合着可以反击一下，其他身管火炮连大陆炮兵的边都挨不上，只有挨打的份儿。在大型军舰屡遭打击后，台湾海军被迫将剩下的大型舰只撤到东部外海美军防御圈，以伺机反扑，倒是其“锦江”大型巡逻艇和导弹艇很有气魄，频频出动以“狼群战术”对马公港和运输船队进行袭击，时常和护卫的解放军导弹艇，猎潜艇和护卫艇发生了一连串激烈的小型舰船间的海战，“雄风”和C801漫天飞舞，战至激烈处，两军用各种口径的火炮近距离对射，甚至出现用反潜火箭弹狂轰对方的场面，双方各有损伤。其中5月19日爆发的“5.19”海战堪称现代小型舰艇战之经典。5月18日下午，美国侦察卫星发现从东山港集结了大批运输船，包括著名的“火箭船队”，共有万吨以上大型船只7艘，4000-8000吨中型船只11 艘，小型船只14艘和10艘民用征用船舶，这些船只装载了数十万吨登陆解放军急需的作战物资和增援部队，航向是台南，是第一轮登陆后最庞大的运输编队。尤其重要的是，一艘运输船运载了第4独立防空营的全班人马，这是在台海担任机动区域防空任务的2个防空营之一，是原装正版装备S-300PUM1地空导弹的部队（第3独立营部署在台北）。其使命是担负整个台湾南部的区域防空任务，一旦它顺利建立阵地，不仅台南将是台湾空军的“禁区”，连猖獗的美、日空军也要忌惮三分。这样就大大减轻了登陆部队和南部海军舰队的空中压力。美方立刻赋予这支船队“台湾特快23”的代号，并将利用部分恢复的台美联网系统通告台军。经台军研判，立即意识到该船队的重要地位，遂决定全力予以拦截。船队将欲18日下午起航，因此19日夜和凌晨将是出击的好时机。