简而言之，当下不管是南方的水师，还是北方的水师，名义上都无法独立作战，均由当地总兵、参将提调。

唯一有独立性质，和海事有关联的则是广东和福建的市舶司。

沿海各地的市舶司原先不止广东和福建这两处，而是有多处。永乐年间甚至还在安南和马来等地设有市舶司，都是由内臣提调。不过此后两百年，市舶司不断被废，广东和福建这两处市舶司也是经历几废几立。

市舶司本质上其实就是海关，职责就是管理海上对外贸易。有意思的是，广东和福建的市舶司是十三年前由地方巡抚奏请复立的，而市舶司上交内库的税收却是很少。

这个现象就很有意思了，和吴淞水营的官兵宁可过穷日子，也不敢参与走私一样，让人十分的意外。

甭管哪朝哪代，海上贸易都是官府为主，南宋更是将这海贸做到了国库大半收入的程度。可以说，没有南宋繁荣的海贸，就根本没有南宋的存在。

到了当下大明朝，这海上贸易也很繁荣，每年流入大明的白银如流水一般，偏就朝廷没从中得到多少钱，连水师也没法从中分杯羹，这就令得魏公公不能不沉思，皇家海军成立之后，他的首要敌人到底是还没成气侯的红毛鬼呢，还是已经闭关锁国的日本，亦是那些海上的强盗，还是如同他一样的体制中人呢。

选择对的敌人，才能成功。

经过多方面了解的魏公公对于敌人到底是谁，心中是有了些数，现在，他就要磨刀了。

经过反复权衡，魏公公决意彻底改革海军旧有指挥体系，首先就是将吴淞水营所有战船和人员组建为皇家海军机动支队和留守支队。

机动支队即由能出海的战船组成，留守支队由不能出海的战船组成。

有鉴于暂时无法寻找新的驻军基地和港口，海军的一切供应都要从吴淞口获得，所以，至少在一年以内，吴淞口这里，魏公公是不能放弃的。要不然，他的船队很可能无法从其它地方获得补给。

机动支队由魏公公亲自提调，暂委千总王大力为支队长，加总兵衔。千总陆凤为副支队长，加参将衔。

机动支队由52艘战船组成，官兵3200余人，由原广东水师官兵1600余，扬州兵300余，松江兵300余，徽州兵200余，魏公公直属亲兵营并步军左营千余人组成。

支队计有三桅炮船3艘，福船6艘，楼船11艘，苍船9艘、海舫14艘，其余船只9艘组成。

除原各船配大炮116门，佛朗机炮162门，虎蹲炮210门，大杆子铳及其余轻重铜炮314门外，魏公公又将从军器局采购来的火器尽数配给机动支队，使得机动支队的火器优势较未整编前的吴淞水营强了三倍有余。并且，这一次他们根本不用担心火药不够，因为，魏公公有的是药子。

这意味着，只要不是国战，在东亚这片海域，魏公公真的能横扫一切牛鬼蛇神。

落日下的大明水师，依旧是东亚最强的海军。

照新的兵力配属，魏公公对机动支队的掌控力是空前的大。

不说机动支队是以原广东水师为主，就是魏公公自己的两营兵编进去，就能让他老人家对机动支队拥有说一不二，指哪打哪的无尚权力。

加官晋爵这套把戏，魏公公也是发挥得酣畅淋漓，委任状是不要钱的发。半天之内，经他老人家奋笔疾书发出去的海军委任状就多达四十七份。

上至总兵，下至把总，无一不含。

每份委任状且都是由魏公公亲手交到受任人手中，与之相伴的总是魏公公寄托厚望的亲切声：“好好干，咱家不会亏待你，升官发财咱家能给你，封妻荫子咱家也能给你。”

实诚、简朴的话语，使得军官们纷纷动容，对魏公公生出“士为知己者死”的豪迈心理。

只不过，委任状是有了，可官印官服却没有。

对此，魏公公的解释是都会有的，海军初创，皇爷重视，内廷诸公也重视，待他老人家将海军上下事由挼顺，将官名单报上去后，不久内廷便会专门派人送来各官印服。

众人自是不疑有他，一个个感恩戴德，愿为魏公公效死，愿为天子效死。

以王大力为首的广东籍官兵在整编过程中，无疑是得利最大的一股，其次是扬州和松江兵，当然，他老人家自己的嫡系魏家军也在这个过程中得益匪浅。

总体上，魏公公是一视同仁的，对于都司程庆等徽州籍军官并没有另眼看待。相反，还给予了重用。

并且，魏公公深知外行不能领导内行的基本原则，因而，在海军的任命上，秉承的一个基本原则就是能者上位，而不是亲者上位。

这便使得魏公公自己的嫡系人马在机动支队中官职最高的不过是游击，且不参与海军作战，只承担近战和陆战。有关海上行船及海战的具体事谊，他老人家是积极听取海军官兵意见，而不是自行决断。

对于都司程庆，魏公公也有安排。

他老人家将后世的参谋体系搬到了皇家海军，亲设钦命提督海事太监皇家海军部，对外称“本部”。

此“本部”与“本兵”性质性质一样，前者是魏公公于海军办差衔称，后者则是兵部尚书的称呼。

单从这一称呼就能看出魏公公的狼子野心，小小年纪就把自个提到了和兵部尚书相等的地位，他日，再有二叔加成，还了得了？

未过多久，海军上下对魏公公的称呼变成了“部公”。

此也是内廷继督公、厂公之后的第三个带公的称呼，意义很大。

在魏公公的整编计划中，海军部下设三司，一为参谋司，二为后勤司，三为联络司。

参谋司主要负责为部公提供海事情报、谋划海战行动，部署兵力，调派船只等事。基本上相当于后世的参谋部。

后勤司则负责皇家海军钱粮供应，军械采购、维护保养、基地港口兴建及船只维修等事。

联络司负责皇家海军本部于朝廷、内廷、沿海督抚及地方诸官、卫所的联络事务。

原水营守备、广东雷州人蒋西凤被魏公公任命为参谋司长，加游击衔。

这个蒋西凤有点意思，此人从军之前是个秀才，因为考不上举人才从的军。结果从军之后，倒是风生水起，干的头头是道。

露梁海战中，蒋西凤随邓子龙将军率三艘大舰率先发起战斗，陈子龙不幸战死后，临时指挥其舰的就是这蒋西凤。战后，晋升吴淞守备。

魏公公是在“摸点”时注意到这个蒋西凤的，待发现此人头脑较王大力他们清楚，于营中事务都能条理清晰的一一道出，便决意用他做自己的海事参谋长官。

后勤司这一块，魏公公果断委任都司程庆，加副将衔。后勤这一块，油水很大，魏公公此举无疑是向程庆示好。

联络司这一块，魏公公任命的是许大有，此人就是那个第一个向魏公公“投诚”的把总，加守备衔。

这样，海军本部三司，徽州籍军官，也就是管营姜某的亲信旧部占了两人，且都有封赏，足见魏公公良苦用心，也能安抚那帮子徽州兵将了。