马融是勋爵门第，为人比较骄贵和讲究，虽然门徒众多，但他只亲自面授少数高材生，其余学生则由这些高材生转相授业。
郑玄投学门下后，三年不为马融所看重，甚至一直没能见到他的面，只能听其高足弟子们的讲授；但郑玄并未因此而放松学习，仍旧日夜寻究诵习，毫无怠倦。
直至有一次，马融和他的一些高足弟子在一起演算浑天问题，遇到了疑难而不能自解，有人说郑玄精于数学，于是就把他召去相见。
郑玄当场很快就圆满地解决了问题，使马融与在场的弟子们都惊服不已，马融对身边的卢植说：“我和你都不如他呀！”自此以后，马融对郑玄十分看重，郑玄便把平时学习中发现而未解决的疑难问题一一向马融求教，对于篇籍的奥旨寻微探幽，无不精研，终得百尺竿头更进一步。
郑玄在马融门下学习了七年，因父母年迈需要归养，就向马融告辞返回山东故里，马融此时已经感到郑玄是个了不起的人才，甚至会超过自己，他深有感慨地对弟子们说：“郑生今去，吾道东矣！”意思是说，由他承传的儒家学术思想，一定会由于郑玄的传播而在关东发扬光大。
从马融那里学成回乡后，郑玄已经四十多岁了，这时他已成为天下著名的精通今古文经学的大师了，于百家之学无所不通；于是远近有数百上千人投到他的门下，拜他为师，听他讲学，当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。
建宁元年，朝廷下诏各州郡查究党人，凡“党人”及其门生、故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢，发生了第二次“党锢之祸”。
郑玄曾为杜密故吏，受杜密的赏识与提携，所以也被视为党人，于建宁四年和同郡人孙嵩等四十余人俱被禁锢。
郑玄起初从第五元先学习《京氏易》、《公羊春秋》，是属于今文经学派的。后来他又跟张恭祖学习《周官》、《左氏春秋》、《古文尚书》，这是属于古文经学派的，他在马融门下受业多年，而马融乃是古文经学大师。
总的看，郑玄是倾向于古文经学一边的，但是，郑玄并不遵守当时经学中师法、家法那一套，他以自己渊博的学识遍注古文经，注中并不专用古文经学家的释义，同时也采用了许多个今文经学家的解释；即以古文为主，兼采今文，择善而从。
郑玄从四十五岁被禁锢，到了五十八岁才蒙赦令，前后长达十四年，在此期间，他打破了经学的家法，注释与著书“几百余万言”，创立了“郑学”，在经学发展史上做出了无与伦比的杰出贡献。
“郑学”逐渐成为“天下所宗”的儒学，例如，郑玄所注的古文经学费氏《易》流行，而今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了；郑注《古文尚书》流传，而今文经的欧阳、大小夏侯三家《尚书》便散失了；郑玄笺注了古文经的《毛诗》，而今文经的齐、鲁、韩三家的《诗》也就不显了。郑学的出现，使经学的发展产生了重要的变化，它使经学进入了一个“统一时代”。
若是假以时日，天下仍旧太平下去，那么郑玄不难成为儒家一个继往圣之绝学的在世圣人，成就不会下于儒家一脉孟子，荀子……
不过去年黄巾起义爆发，朝廷被迫大赦党人；解除党禁后，朝廷当政者对郑玄的大名已早有所闻，于是争相聘请他入朝担任要职。
但郑玄为学而不求官，绝不愿涉足仕途，乃屡拒征辟，一心一意从事著书讲学的学术工作，不过执掌朝廷权柄的外戚大将军何进为了笼络人心，首先征辟郑玄入朝为官。
州郡官吏胁迫起行，郑玄不得已，只好入朝去见何进。何进为表示礼贤下士，对郑玄礼敬有加，设几、杖之礼以待之。
此后不久，不等何进用出更多的手段，何进就迅速败亡，京师纷乱而起，郑玄被迫藏身民宅，至杨伊进京，穷搜洛邑不法以及各家死士，郑玄也就这样出现在杨伊面前，被杨伊拜为三上公之一的尚书。
何蜜以为郑玄是何进所请，双方渊源深厚，郑玄也该和他是一派的，以往郑玄在朝堂上也是一眼不法，给了何蜜一个错觉。
此时，听郑玄忽然出来表态；这个老匹夫！何蜜愤怒地一拍座椅，她百般算计拿下马日磾，是显她之威严，以慑群臣，想不到最后竟然让杨伊摘了果子，那么如今打蛇不死以后是要吃亏的。
马日磾可不是什么无背景的人物，为马融之祖孙，伏波将军之后，无论是经学士族还是将门士族，都有不少的渊源，这次不打死他，那么以后就等着报复吧！
“马日磾身为太尉，对朝廷无一益处，当处以极刑，以儆效尤！”
何蜜此时掀开珠帘，站了出来，朝着殿中人一字一字的说着，这是押上了自己太后的脸面。
郑玄当年师承马融，此时自然不能无视，当先走出朝班道：“请太后三思。”
“请太后三思。”
这一片请命声，非是杨伊的那一脉中人，而是以往大多默不作声之人，何蜜却是一片心寒。
这次朝会，不是杨伊一方在施力，天下公卿齐来，这是何蜜一方也用了不少力，为的就是展示己方的实力，争取那些中立的加入己方阵营，从而扶持皇子继位。
而不至于像现在这样，僵持之中，可是如今，何蜜发现她想错了，对马日磾下手，并没有得到什么好的结果！
“据我所知，这参太尉之语，并不十分属实，吾会命人仔细查验的，太后以为如何？”
杨伊忽然一语，此时山呼跪拜的人就默然停住了；珠帘之后沉默片刻，何蜜也只能咬着牙道：
“依卿等所奏，只是委屈太尉了，待此事水落石出之后，便是太尉归朝之时。”
何蜜又接着说了很多，但是心灰意冷的马日磾已经无心听下去了，他的政治生涯似乎已经结束了，不过能回转故乡造福桑梓，也未尝不是一件好事。
“如此甚好。”
杨伊随口一句之后，这基调也就定下了；此时马日磾望向上面御座之旁那片珠帘和之下的那位，他也明白了这一次的这两人目的都并不只是拿下自己那么简单。
他们的最终目的都是那张御座，此时杨伊满意地看着大殿之上鸦雀无声的群臣，对郭嘉拟定的这个计划十分满意。
这个计划妙就妙在借刀杀人，何蜜觉得当朝罢免太尉，足可以显示她的威严，然后借此机会，更进一步，成为真正的太后，但是却没想到这一切，都只是杨伊一方的算计，马日磾在朝，也是她的眼中钉肉中刺。
那些后党朝堂之上的应变也让杨伊很满意，在确定无法彻底干掉马日磾之后，反手杨伊就卖了一个好。
只可惜凉州刺史这个位置就便宜了马日磾了，当然，此时凉州动荡不堪，等着马日磾在凉州任上，做的不好，那么以后再慢慢炮制，此时无人注意失魂落魄的马日磾了，继续听朝廷上众臣议事。
好戏还在后面。