崇德三年，皇太级看到国家府库充实、财用足支，恩诏全国无论新旧臣民、只要属于穷人光棍、没有马匹者，或者愿意当战士却没有甲胄的穷人，一律可以根据个人意愿申报，地方政府验明情况后发给金钱、马匹和甲胄，满足其从军心愿。皇太极还严禁军人将俘虏卖为地位低贱的乐户（戏子、现在叫艺人或文艺工作者），加强对举人和秀才的优待，不仅对他们赏赐物品、减免徭役，还空前绝后地破例授予军衔，对麾下勇士也屡屡赏赐官马强化其战斗力和忠诚度。清太宗后期，时常命令各旗都统巡视、慰问和安置辖区内的贫困无助者，检查刑诉和监狱减少冤案；对属国朝鲜和蒙古附属各部的贡赋也视情况减免。
对待战争中被俘将士的权利，皇太极也比崇祯帝要开通很多。皇太极的立场是：军人为国征战效命，不幸战败被俘或力屈而降，国家应该理解并积极营救赎回战俘。而崇祯皇帝却因酸腐文人的蛊惑，将明军被俘将领甚至阵亡高级军官的家属都问罪处死。这种无视军人基本权利的荒唐思想，近现代中国人也不陌生，说到底不过是愚昧的统治集团伪装假扮成忠君爱国和民族大义的极度自私自卑而已。无论古今中外，疆场效命国家民族的军人有选择殉国做忠烈的权利，国民也应当宽容对待被俘的战士，他们和那些躲在安全的后方甚至庙堂里卖国的奸臣贼子完全是两个性质。
经过皇太极的努力，关外政权的管理日趋正规化，生产大发展，民族矛盾缓和，满洲人群体内部的差异淡化，汉人有封王及担任昂邦章京者，宗室也有有沦为普通百姓者，很多奴隶被释放为自由民。这些变化为清军入关成为天下共主奠定了坚实的物质和社会基础，然而皇太极在推动满洲政权中原化过程中惩戒于金朝的教训，牢牢把住“不忘骑射”的底线。
【雄踞东亚】
1643年皇太极去世，众亲王因相互顾忌推戴是年仅六岁的九皇子爱新觉罗.福临入承大统，成年后为清顺治帝。和硕睿亲王多尔衮因工于心计，擅长用兵且实力最强（这时八旗兵共210个牛录，多尔衮控制的正白旗、镶白旗下辖65个牛录，占满旗军兵员的近1/3），成为摄政王实际控制朝政。
次年春天，多尔衮与吴三桂联军于山海关外一片石战场击败李自成的大顺军讨吴军团，五月二日清军占领北京，十月顺治帝福临在北京即皇帝位，大清朝宣告正式建立。
李自成围攻北京、逼死明思宗崇祯皇帝后，大明朝陪都南京的高级官员拥戴福王朱由崧即皇帝位，建立南明的弘光政权。可笑的是昏庸的南明君臣完全无视宋朝君臣联金灭辽、联蒙灭金的历史教训，居然迅即派遣兵部侍郎左懋第北上酬谢清军入关破贼，谢礼为黄金一万两、白银十万两、绸缎一万匹，同时海运军粮十万石、白银五万两犒劳已经投靠满清的汉奸吴三桂。南明弘光政权幻想与占领北京的清朝“相约杀贼”，多尔衮的回答是：礼品笑纳、扣留左侍郎，豫亲王多铎统帅大军南下攻打南京的福王小朝廷。朱元璋的后人及其权臣辅弼们何等的愚昧！
南明先后有福王政权（弘光政权）、鲁王政权、唐王政权、桂王政权（即永历王朝）等多家。除了永历王朝内政方面组织较为正规和有秩序外，其它小朝廷基本可用乌烟瘴气来形容，福王麾下的史可法、拥戴鲁王的张煌言、忠勇抗清的郑成功都是当年各小朝廷的非主流。南方军民也在形势判断上出现大错，很多人误以为至少能像南北朝或南宋对峙金朝那样守住江南，与清朝划江而治。
最早建立的弘光政权拥有五十万军队，控制着淮北与江南大片地区，但是却从上到下腐败透顶，内部成天党争而无心光复。福王朱由崧修建南京兴宁宫，楹联居然赫然是“万事不如杯在手，一生几见月当头”。朝中两派互相攻谖对方为“阉党”与“东林党”，权臣马士英只知卖官鬻爵、弄权聚敛，大将左良玉骄悍难制。江南百姓无奈自嘲：“中书随地有，提督满街走。监纪多如羊，职方贱如狗。相公只爱钱，皇帝但吃酒。扫尽江南钱，填塞马家口。”
盘踞武昌的左良玉领兵打仗有大将之才，为人豪迈也有一定正义感，但是他的部下因为长期和农民军作战也养成了不少流寇的习性，成为出名的“匪军”。左良玉敢于公开抢劫朝廷物资和武昌的漕粮盐舶，部下骄兵悍将经常勒索欺压良民、奸淫妇女，肆意虐杀敢于反抗暴行的百姓。左大帅号称统辖八十万大军，这位宁南侯控制的地盘可是一点都不安宁。
1645年左大帅以“清君侧”为名顺江东下进攻南京，马士英不顾江淮防务下令调集江北四镇驻军迎击左军。在“有议守淮者斩”的政策下，空虚的江北地区任由清军多铎部纵横。四月，江北重镇扬州城被破，大臣史可法被俘殉国；不久清军南渡长江，占领南京。福王朱由崧逃到芜湖后被俘，押解南京时老百姓夹道相迎，不过是用吐沫口水、砖头瓦块、臭鸡蛋和烂水果问候这位南明皇帝。
南京被破后，浙江的明朝残余势力拥立鲁王在绍兴监国，郑芝龙为首的福建势力拥立唐王在福州称帝，两家各不相让。稍后清军入浙，鲁王逃亡流浪海上，后投靠郑成功并终老于台湾，他是唯一的没有被俘虏处死的南明君主。福建隆武政权的实力远强于鲁王，仅福建境内就有二十万军队，但是海盗出身的南安伯郑芝龙根本无心抗清，对有心干番事业的唐王也多番掣肘。1646年清军攻闽，唐王政权覆灭，郑芝龙降清，唐王被俘处死于福州。鲁王奔郑、唐王殉难后，东南地区的抗清烽烟并未平息，张煌言在浙江坚持反清斗争，郑成功在闽粤一带及海上领导着一只不屈的大军。
唐王殉难后，南明广西官民拥戴桂王朱由榔于肇庆称帝建立永历王朝，它是延续并抗清时间最长的南明政权，直到1661年（顺治十八年）清军进攻缅甸时桂王才被缅王献给吴三桂，次年四月永历帝被吴三桂在昆明绞死。永历政权能坚持比较久，相当原因在于它得到了大顺军余部及大西军余部的支持。
大顺军在成功后载倒在仇恨和骄傲上。顺治二年（1645年）李闯王在湖北九宫山死于民团武装，大顺军余部四十万分化为两大集团坚持抗清。
李过、高一功部与唐王政权的名将何腾蛟联盟抗清，被唐王封赐为“忠贞营”（李自成遗孀高夫人为“贞义夫人”），在湖广活跃非常。唐王政权覆灭后，该部及何腾蛟投靠永历帝，转战湘鄂与清军互有胜负。永历小朝廷存在“吴党”与“楚党”的内部政治斗争，各路武装也在军阀指挥下各成体系，“忠贞营”与朝官、军阀和地主都有矛盾。李过病死后，进入广西的大顺军在高一功带领下再度北上贵州，受大西军孙可望部袭击损失很大，高一功战死，残部后来在李来亨率领下与夔东十三家军会合。
郝摇旗和刘体纯统率的大顺军余部长期活动在川、鄂边地区，被称为夔东十三军。这只抗清武装在李闯王陨落后一改流寇习惯和作风，比较注意军纪；夔东十三军在川鄂一带建立根据，于“苏区”开荒屯垦、减租减息、招徕安置流民、行简易健康的政治，历史上以破坏著称的流寇后来反而成了当地老百姓的福音。消灭永历朝廷后，满清集中力量对付夔东十三军，1664年（康熙三年）清廷出动八旗劲旅和陕、川、鄂三省绿营军围剿“红色根据地”，郝摇旗壮烈战死，刘体纯、李来亨两位领袖不屈自戕而亡。由于清军在会剿茅麓山的李来亨部时遭遇激烈抵抗、伤亡惨重，后来旗人在遭遇艰难困苦时总喜欢说：“又上茅麓山了！”
孙可望带领的大西军余部情迹匪类，孙可望把持永历小朝廷的朝政，排挤大西军系的李定国部和大顺军系的力量，后来孙可望也成为汉奸。李定国部则成为永历政权的立国栋梁，长期战斗在滇黔湘桂数省。李定国最后在云南勐腊病逝，临终前再四叮嘱儿子和部将：“宁可死在异国荒野，也不能投降满清”，对民族、国家可谓是“鞠躬尽瘁、死而不已”。永历朝廷在西南地区实施的善政和抗清保民活动，主要是在李定国、刘文秀、瞿式耜和张同敞等人主导下进行的，而李定国是公认的擎天玉柱。