那么，在农业领域，什么是解决长期性、全国性的重大战略问题？从资金运用上，这样的战略问题可以划分为两种：一种是持续性的农业科技研发，比如说农业生物安全问题。据美国农业部统计，仅因为外来植物病虫草的入侵，每年给美国造成的直接经济损失就达约1370亿美元。为了确保国家经济安全、生物安全和社会公共安全，美国联邦政府从立法、投入、机构、管理、应急预案、科学研究、基础设施建设等方面，对农业生物安全问题做了系统部署，形成了较为全面的国家战略。 鉴于农业生物安全研究的长期性、公益性和复杂性，在联邦政府的科学技术年度财政预算中，用于农业生物安全的费用以立法的形式，规定从所有生物类科研项目中按2%进行分割。这种长期稳定的立法投入可以确保农业生物安全研究队伍的稳定，研究设施的建设与及时更新，相关研究工作得以长期持续开展。而且，联邦政府从1983年起就设立了专项研究基金和专门研究机构，对转基因生物基因流、农田生态系统结构、生物资源与环境影响以及医药和工业用转基因生物安全等研究给予持续、重点的研究支持。此外，美国国会还通过联邦财政的预算应急机制，设立专门的“生物安全应急行动基金”以应对农业生物安全突发事件，仅2000年年度预算就增拨2 880万美元基金用作抵御外来入侵物种的应急处理。 另外，联邦政/府对农业生物安全研究机构布局及其基础条件设施建设等高度重视，建设形成了以国家中心为核心支撑、专业分中心为框架的分层式网络布局。 另一种是项目性的农业科技研发，2006年，美国农业部投入500万美元，用于确定和改善大麦的基因组成，以达到提高产量和改良品质的目的。这项新的研究计划由美国农业部资助，来自全国19个不同研究机构的科学家参与了这项研究活动。科学家希望绘出大麦遗传“路线图”，鉴别能够控制大麦产量和品质以及抗病性的基因。这个研究项目可以帮助大麦的种植者获得更高产量、更佳品质的大麦，从而增强他们的竞争力。 而且，美国农业部继续加强长久以来在农业研究投入方面的努力，把这项研究的成果提供给科学家、种植者以及相关产业的从业者。

在日本，农林水产省根据专业和地域的不同划分，设立“条块结合”的不同功能的农业研发机构，其组织结构类似于企业的“矩阵式”组织形式。 在专业方面，农林水产省设立多个独立行政法人的专业研究机构，包括农业食品产业技术综合研究机构、农业生物资源研究所、农业环境技术研究所、森林综合研究所、水产综合研究所等，主要从事基础、长远和重大或应急的科学研究。 在区域上，日本农林水产省根据自然、生态条件不同，进行了综合农业区划，按照日本的四大块地理划分，划分了不同自然生态区域，建立区域研究中心。 各个研究中心针对区域主要问题，确立了各自的研究方向，覆盖了整个日本农业主产区。 同时，根据这样的区域划分，日本的专业农业研究机构再按照自然资源特点，依据专业化分工，成立区域研究中心，并且在农业主产区建立为数众多的支所、实验地。 这种专业和地域相结合的方式，有助于紧密结合生产实际，充分发挥科研创新能力，促进区域农业的均衡发展，提高日本的农业综合竞争力。

在农业研发的组织上，日本同样设立三级机构，而且中央和地方各有侧重，明确分工，保障科研机构综合效能的良好发挥。 在国家层面，日本农林水产省所属农业科研机构规模大，汇集了日本的顶尖农业科学家，而且专业学科设置齐全，形成了较为完整的体系。 所以，各个国家级研究所主要从事方向性、基础性的重大课题研究。 而且，通过建立完善的推广普及制度和组织，中央研究机构或大学的科学试验成果，要在各地方的农业试验场进行试验，决定是否推广。 在各个地区层面，各地区研究中心主要应用国家级研究中心的重大研究成果，对各自的地区性农业环境进行研究，通过对重大研究成果进行应用型研发，产生适合当地环境的研究成果。 在地方层面，由于日本农业强调“精细农业”发展，甚至进行“一村一品”的农业和食品发展。 那么，大量的地方农业研究所为了满足这些农村需求，通过应用地区研究中心的成果，并且研发当地的特色农产品品种，灵活地针对当地的问题进行研究和解决。 而这些地方农业研究所的具体研究成果，可能成为解决地区性农业难题的成功典范。 就这样，通过不同级别的合理分工，更加符合研究机构特点和农业需求，提高农业研发效率，加快农业研发成果的应用。 而且，农林水产省根据国内及世界农业变化的趋势，不断调整农业科研院所布局，保持和提高日本国家级农业科研院所的科研效率。

以色列在国家农业部设立首席科学家。 首席科学家办公室起草农业科研和发展政策草案，报全国农业科技管理委员会批准，并且由管理委员会进行统一管理，首席科学办公室具体负责监控科研项目的执行情况。以色列农业科研机构主要由独立的公益性研究机构、农业科教机构和公司类社会研究机构组成。 公益性研究机构主要有农业研究组织(ARO) 、韦斯曼科学研究院以及与农业有关的专业研究所。 其中，ARO 是以色列最负盛名的政府农业科研机构，主要任务是研究和解决全国农业科技的关键问题， 并对农业的未来发展进行前瞻性的基础研究。 设有大田与园艺作物、园艺、畜牧科学、植物保护、土壤水利与环境科学、农产品加工与储存、农业工程等7 个研究所， 4 个区域性研究站， 1 个种子基因库。该组织现有职工2700 余人， 其中科学家300 人， 技术人员500 人。其运行经费的50%来自于政府资助，其他收入来源于农业生产者组织、农业部首席科学家办公室、国际合作基金和技术成果转让。 韦斯曼科学研究院是世界一流水平的综合性研究院之一。它主要从事基础研究， 其中有5 个涉农研究中心， 即营养与植物研究中心、小麦科学中心、农业与植物科学中心、农业与应用生物学研究所、生物学部植物遗传系。该研究院聚集了2500多名科学家， 其中农业方面的专家有800 多名。以色列涉农高校主要有耶路撒冷希伯来大学的农学院和以色列技术学院。其中希伯来大学农学院共有7 个系， 即农业生物化学系， 动物科学系，农业植物学系， 昆虫学系， 大田作物、蔬菜与遗传学系， 园艺与观赏园艺系， 植物病理与微生物学系， 还设有2 个专门的研究中心———综合治虫研究中心和土壤水分科学中心。以色列技术学院是以色列工程方面的重要教育科研机构， 涉农有食品工程与生物技术、农业工程2 个系及其所属的水与土壤农业工程研究中心、农业机械研究中心、环境与水资源工程研究中心、食品工业研究发展中心、以色列技术学院研究与开发基金会5个研究机构， 科研人员180 多人。

以色列政府每年的农业科研专项经费有上亿美元， 占农业产值的3%。 而在国家农业部的农业科研经费中，有50%是定向拨给国家农业研究组织， 剩余50%和政府其他农业科研基金按分类管理， 统称为“竞争性基金”： 1、首席科学家基金，资金总额约1000 万美元， 资助对象为研究所和大学单个项目的自由申请。 2、农业销售税基金：主要用于资助经济效益比较明显、针对性较强的技术开发项目。 3、国际基金； 4、农业科研基金资助。5、基础性研究基金，每年3000 万美元以上。 在以色列农业科研经费的投资构成中，约有10%用于基础研究， 70%～75%用于应用研究， 15%～20%用于农业科研成果的开发和推广。 在这些经费中，农业部的投入约占60%， 主要用于应用性研究; 科技部与教育部约占20%， 主要用于基础性研究;企业约占10%， 主要用于资助技术开发。 通过基金化管理模式，以色列的农业科研资金管理鼓励学术研究的平等竞争，促进优胜劣汰。而且，通过首席科学家办公室的执行机制，推行严格的项目追踪式过程管理监督和评估， 大大提高了科研投资效益。

而在中国，农业科研则是另外一个情形。1999年，农业科技总投入（包括政府财政支出和研究机构的创收支出）为63.68亿元。与之相对比，新CCTV大楼的投资则超过100亿元。 在2009年其配楼发生大火后，这个100亿元的庞然大物到现在为止仍未起用。 2005年，中国农业科学院副院长雷茂良研究员在《农业科技投入和农业科研机制改革的问题思考》中的一些问题进行了总结：“我国农业科研投入近年来虽呈上升趋势，但增幅不大，从1997年的37.51亿元增加到2003年的70.91亿元，增长了0.89倍，农业科研投资强度（农业科研投入占农业GDP的比重）相应从0.264％增至0.411％。 据国际粮农组织报告指出：‘80年代中期世界各国农业研究投资占农业总产比重的平均值约为1%，而发达国家一般为2%，北美等国家高达3%。’一般认为，只有当农业科研投资占农业总产值比重达到2%左右时，才能使为一个国家的农业持续稳定增长获得可靠的科学技术支撑，并使农业与国民经济其它部门的发展相协调，而我国目前的农业科研投资强度却仅为0.411％，与上述要求仍相去甚远。在农业科研投资构成中，发达国家政府投入一般在40％～50％，发展中国家主要以政府投入为主。如印度、泰国、阿根廷、巴西等国家政府投资比重分别为86%、87.3%、94.3%、87.4%。而我国政府对农业科研的投资比重2003年为64.8％，明显低于发展中国家的水平。从投资强度上看，在80年代，发达国家政府对农业研究的投资强度为2.23%，进入90年代这一比重提高到2.37%。1997年后我国农业科研政府投资强度有所增加，2002年达到0.339%，但2003年又下降到0.312%。不但远远低于发达国家的水平，甚至低于30个最低收入水平国家农业科研投资强度0.37％的加权平均水平。”