对于一个有权力集中倾向的管理体系来说，主教制的优点是最为明显的。金字塔式的祭司体系，本质也是一种官僚政治。虽然官僚政治的诸多弊端一直被批判，但一套运行良好的官僚体系却有利于自上而下的管理。而对于担心这套祭司体系对世俗政治产生影响的国家来说，将之置于政权之下即可。这也是为什么，英国的宗教改革看起来并不如新教倡导者所期待的那样，只是技术上将原本的英国教会与罗马教廷脱钩，置于王权之下罢了。
事实上在16世纪的宗教改革中，英国并不是唯一这样做的国家。比如在教义上跟随路德派的北欧诸国，沿用的也是主教制，并且由君主兼任最高宗教领袖。由此你也可以理解，为什么中国的基督教体系，会以在政治上服从管理的“三自爱国教会”形式而存在了。说到底，无论宗教改革者和信仰者的是出于什么目的皈依，最终他们都会发现，唯有与世俗的政治体系相适配，才能有生存和发展的空间。
当然，从本质来说，宗教和信仰本身更重的是精神层面的指导，或者说更加的感性，而世俗社会的发展更需要的是理性思维。因此不管是什么样的信仰，在与现实社会需求相融之后，都会有部分对现实社会不满的信众，希望回归信仰的原始状态，这就是所谓“原/教旨主义”。以此标准来看，新教的出现本身就是一场基督教“原/教旨主义”运动。只不过，无论哪种原/教旨运动如果有机会登堂入室的话，随着时间的推移都会有所修正和妥协。到那个时候，又可能有新的原/教旨主义者建立新的教派，进行一场新的改革。而更为混乱的是，什么样的理解才是真正的“原/教旨”，用什么样的模式来实践“原/教旨”思想，不同的人观点并不尽相同。
以“新教”的管理形式来说，除了最终与君主制妥协沿用“主教制”的类型以外，最初的创新在于加尔文派所创立“长老制”。如果说“主教制”在管理属性上，本质对应的是“君主制”，适配的是自上而下的管理体制，那么“长老制”所对应的就是“共和制”，是适应权力“自下而上”产生的需求而生成的。所谓“长老制”，简单点说就是以“议会”的形式管理教区事务。每个教区推选出“长老”，由地方长老负责本教区的大小事务，与牧师之间又有相互制衡的关系。同时由长老和牧师组成的各级议会，构成整个管理系统的金字塔结构。只上一级的议会对下一级的议会并没有实质的管理权，共同认可的组织章程是这一体系能够有效运营的基础。
“代议制民主”是长老制的核心特征。由此你也可以看出，为什么像荷兰这样商业共和国，会成为这一轮宗教改革的有力支撑者。然而对政治稍有了解的人都会知道，原/教旨看“民主”二字的话，“代议制民主”还不是最民主的方式。这是由于“代议制民主”的核心认知在于，虽然权力应该归属于所有人，但在具体使用上还是要由少数代表或者精英阶层来掌控。只不过为了不最终演变成“自上而下”的管理模式，这些代表的产生需要透过各级议会，及一整套管理制度来制约。
一定要把“民主”二字理想化的话，那最正确的民主方式就是“直接民主”了。所谓“直接民主”最简单的理解就是“一人一票”，所有的大事小情都由全民大会，或者全民公决来决定。对于基督教“原/教旨主义者”，尤其是强烈反感英国那种不彻底宗教改革的“清教徒”们来说，这种操作才是最理想的。由此诞生了基督教管理制度中了第三个流派—公理制。
公理制又称“会众制”，“直接民主”是其核心主张。在这一主张之下，每个教会的具体制度和礼仪由全体会众，通过“会员大会”的形式自行决定，并且上面不再各种层级的议会或者教团。诸教会之间虽然也会有横向联系的组织，但只是基于共同的信仰联合起来松散组织。当年移居美国的“清教徒”便是采取了这种模式，以最纯粹、最理想的方式进行自我管理。
然而“公理制”的这种直接民主方式固然，看起来能最大限度的避免个人权力被侵犯，但实施起来的难度去颇大。最大的难点，在于维持共同的意识形态及认知水平。唯有如此才能够保证“直接民主”所产生的结果，符合绝大多数人的利益，并且不至于产生过大的内部消耗。而在一个意识形态分裂，或者认知水平有巨大差异的社群，采取“直接民主”方式无异于一场灾难。
有鉴于此，马萨诸塞湾的清教徒们非常重视教育。如果你去观察美国著名的“常春藤联盟”分布特点，就会发现八所盟校中的四所，包括：哈佛大学、耶鲁大学、达特茅斯学院、布朗大学，最初为实施公理制的清教徒所创立。其余四所，包括：位于纽约州的“康奈尔大学”、“哥伦比亚大学”；宾西法尼亚州“宾西法尼亚大学”；新泽西州的“普林斯顿大学”，亦都位于新英格兰地区之侧，在地缘政治上同属以新英格兰为核心的 “北方地区”。
除了康奈尔大学和宾西法尼亚大学之外，其余六所历史悠久的常春藤名校，从最初的建校理念上来看，都可以称得上是“神学院”，只是这一特征不能让它们获得普遍认可。要知道单纯灌输意识形态的教育，虽然有助于增加内部凝聚力，但却无助于增强对外竞争力。上述大学能够成为世界级名校，本质还是在于其对科学和经济的重视。新教信仰者尤其是清教徒们，并不认为理性与狂热的宗教信仰是对立的。相反，“理性敬奉上帝”的态度，使得成为了清教徒们无论是在对于经济还是科学等入世问题上，都能够秉持着清醒的头脑。
“理性”思维在清教精神中的核心存在，与其“财富观”有关。与很多宗教要求信众放弃对财富的追求不同的是，清教徒们认为利用一切合规的手段来赚取财富，最终再将这些财富回馈社会，才是最好的信仰方式。从这个角度说，科学也好、资本主义也罢，都只是用来积累财富的手段。映射到现实社会，你会看到上述常春藤名校都是私立学校，并且有大量来自校友的捐赠资金。而诸如比尔盖茨这种准备身后将全部身家捐赠出来的现象，在美国非常普遍。
当然，你也可以认为，这种清教徒精神指引下的捐赠行为，背后隐藏着现实的个人利益考量。比如向学校捐赠资金，有助于自己的孩子入学；将遗产注入基金，并让子女在基金运作中受益，可以避免缴纳大量遗产税。然而必须指出的是，一个不能做到兼顾各方利益系统，是没有办法良性运行下去的。从这个要求来说，清教徒们的确在信仰与财富、集体利益与个人利益之间，找到了一条可持续的发展之路。无视这一点，将很难理解美国为什么会取得今日之成就。
今天，这种将“坚定宗教信仰”与“理性入世思维”相融合的方式，仍然在其它宗教世界中有所实践。这其中最典型，也最有可能造成深远影响的代表性实践，是近年来在被土耳其政府强力打压的“居伦运动”。这一运动的发起者“费特胡拉居伦”（英语发音翻译为“法土拉葛兰”）认为 “学习数理化就是在敬拜安LA”，只有努力工作和重视教育才会有希望。为此，“居伦运动”的信仰者，在世界范围内创建了数以千计的学校、商业机构以及基金，并积极向社会的方方面面，普及这种“理性信仰”理念。